Il y a un lien entre le 1 et le 2.
Il suffit de regarder le nom de Lita (AI 1) et de Felt et Viese (AI 2)
Le 2 étant plus ancien dans le temps.
A noter d'ailleurs que dans AI 1, ils parlent régulièrement de l'ancienne terres des alchimistes, et que Lita a un lien avec eux.
Atelier Iris 3, je ne sais pas s'il a vraiment un lien, car excepté la présence d'Iris (j'aime pas trop le design de son visage d'ailleurs :/ ), rien n'évoque son passé (qui serait celui de AI 2).
Pour la chronologie, on a donc bien AI 2, suivi de AI 3, puis AI 1.
A noter au passage que AI est le premier volet de la série des Atelier qui se compose de plusieurs titres ;)