En ce qui me concerne, ayant fini à nouveau le jeu récemment, je pense que Murmur est le vassal de Sydonai, et que c'est lui qui a attaqué et détruit les templiers du début du jeu. Mais il se rend compte de la présence du joueur, et perçoit son potentiel. Il y voit donc une opportunité de supplanter Sydonai, ce qui implique de nous aider à botter le cul aux gros méchants.
En suivant et aidant le joueur, Murmur en profite pour en apprendre davantage sur l'ennemi des démons : la Vérité. Cela lui permettra par la suite d'empêcher les humains d'autres mondes d'accéder à la Vérité, facilitant ainsi la destruction des mondes.
Quant au comportement de Murmur au moment où Sydonai tente de nous empêcher d'activer le dernier sceau, cela me paraît évident : l'arriver de Sydonai signifiait l'échec de son objectif (à savoir, prendre la place de son boss) et une sévère punition pour lui.
Dans la cinématique de fin, il dit "jamais aucun Ancien n'avait eu de dette envers quoi que ce soit ou qui que ce soit auparavant". Cela signifie pour moi qu'en ayant tué Sydonai, on permet à Murmur de devenir un Ancien et par là de prendre le contrôle des légions de Sydonai. Pour ce qui est du Premier, je crois que c'est l'échec de l'invasion de la Terre qui ne va pas lui plaire.
Pour finir, le portail que nous ouvre Murmur est sensé nous permettre tout simplement que quitter l'Enfer (souvenez-vous, en détruisant les 5 Mensonges et Sydonai, vous avez refermé le Portail qui relié l'Enfer à la Terre, même si ça n'a pas lieu "in game"), ce qui lui permet de payer sa dette envers le joueur (en effet, imaginez un peu ce qu'il se serait passé pour vous si Murmur vous avez laissé en Enfer...).
Enfin bref, ce n'est qu'une théorie, mais ce sont les conclusions que j'ai tiré du jeu, et dommage que Flagship ne soit plus qu'un souvenir, j'aurai aimé une suite de ce jeu...