Dans Valkyrie Profile, les donjons apparaissent lorsqu'on active la concentration spirituelle mais seulement sous certaines conditions, notamment en fonction du niveau de difficulté choisi au départ et du numéro du chapitre en cours. A l'instar des villages, l'exploration des donjons se déroule sur un seul plan et les environnements défilent suivant la bonne vieille méthode du scrolling. La carte offre un aperçu du découpage des différentes zones qui sont reliées entre elles de façon parfois assez labyrinthique, des portes permettant généralement d'aller soit vers l'intérieur, soit vers l'extérieur du donjon. A certains moments, il est possible de déclencher des événements qui se soldent par des gains de XP, ces points étant destinés à booster le niveau des personnages de votre choix hors combat via le sous-menu, ou à développer les skills des Einherjar que vous souhaitez transférer à Asgard.
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On peut être surpris par le fait que la progression fasse intervenir régulièrement des notions de plate-forme, puisque vous pouvez enfermer les ennemis dans des cristaux pour éviter de les affronter, ou détruire ces blocs de glace avec votre épée pour les empiler afin d'atteindre des points situés en hauteur. La maîtrise des jets de cristaux est un élément clef de la traversée des donjons puisqu'il faut souvent utiliser les ennemis cristallisés de manière détournée pour les déplacer afin de s'en servir pour atteindre des endroits inaccessibles autrement. Ainsi, bien que les énigmes ne soient pas légion, l'exploration des niveaux reste passionnante et contribue à la solidité du gameplay. Un aspect intéressant qui permet au titre de se démarquer des autres RPG sans pour autant donner trop d'importance à la plate-forme pure.
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Quant aux coffres, non seulement il sont souvent piégés mais les plus précieux, qui apparaissent une fois le boss des lieux vaincu, contiennent des artefacts divins que vous ne pourrez généralement même pas garder pour vous puisqu'il vous faudra les restituer illico à Odin ! Si vous choisissez de les conserver malgré tout, votre score d'évaluation en tant que Valkyrie risque d'en prendre un coup...
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