Prenant place plusieurs siècles avant les événements du premier volet, l'histoire de Valkyrie Profile 2 s'intéresse à la plus jeune des trois « soeurs » valkyries : Silmeria. Piégée dans le corps de la princesse Alicia, la fille du roi Barbarossa et de la reine Malabeth de Dipan, la Valkyrie s'est attirée les foudres d'Odin en s'opposant directement à lui et en s'alliant au seigneur vampire Brahms. Mais la conscience de Silmeria n'a pas totalement été scellée lors du rite souverain, et la Valkyrie peut communiquer directement avec son hôte Alicia qu'elle guidera tout au long de l'aventure pour mener à bien ses projets de rébellion.
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Par conséquent, l'innocente princesse Alicia possède une double personnalité, et son comportement étrange lui valut d'être enfermée pendant des années par son propre père qui la fit passer pour morte, l'obligeant à vivre recluse à l'écart du monde.
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L'une des particularités du corps d'Alicia est d'abriter la psyché de plusieurs Einherjar qui n'ont jamais été envoyés au Valhalla et qu'elle peut matérialiser en touchant des reliques éparpillées à travers la surface de Midgard. Ces derniers constituent donc autant de recrues potentielles et peuvent être libérés dès lors qu'ils ont atteint un certain niveau.
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