Usés et frustrés par la collaboration avec Electronic Arts, Jason et Andy font un break. Le premier part en Californie faire du surf mais atterrit finalement dans une société spécialisée dans les effets 3D pendant que le second poursuit ses études. Finalement, un appel téléphonique va bouleverser leurs plans. Nous sommes en 1993. Le coup de fil est passé par Trip Hawkins avec qui les deux amis ont déjà eu le loisir de travailler par le passé, du temps où ils faisaient affaire avec EA.
Hawkins les informe qu'il est sur le point de sortir une machine incroyable : la 3DO. Il leur propose alors de concevoir un jeu pour le lancement de la console et leur envoie un kit de développement. Naughty Dog est de retour. Jason comme Andy apprécient notamment le fait de ne plus travailler avec ces satanées cartouches et de bosser sur CD, un support pouvant renfermer un contenu important. Ils décident par ailleurs de ne pas partir en quête d'éditeur mais de financer eux-mêmes le projet. Ils estiment que l'argent récolté grâce au succès de Rings of Power doit leur suffire pour mener à bien leur nouveau projet : Way of the Warrior.
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Comme souvent dans l'histoire de Naughty Dog, la nature du jeu développé est décidée après observation attentive du marché. A cette période, les jeux de combat ont clairement le vent en poupe. Street Fighter II connaît notamment un succès retentissant. Les arènes en 3D et les affrontements en un contre un constituent donc leur nouveau terrain de jeu. Le coût de développement devrait en prime s'avérer moins élevé que pour un RPG. Grave erreur. La masse de travail se révèle finalement bien trop importante pour la petite structure qu'est Naughty Dog. Si bien que pour la première fois, Jason et Andy sont obligés de faire appel à une aide extérieure. En l’occurrence, trois personnes. A court d'argent, ils se voient également dans l'obligation de fabriquer leur jeu avec les moyens du bord. Ainsi, familles et amis servent de modèles pour les personnages digitalisés de Way of the Warrior. Les habits sont quant à eux conçus avec trois bouts de ficelle. Malgré tous les efforts fournis, le jeu est loin d'être terminé alors que le budget alloué à la conception de ce dernier s'avère, lui, épuisé.