Avec l'arrivée massive d'employés, le studio Naughty Dog a adopté une méthode de travail bien particulière. Christophe Balestra et Evan Wells ont ainsi fait le choix de responsabiliser au maximum leur troupe. Lorsque le développement d'un jeu démarre, un objectif précis est fixé à chacun. Un petit groupe de personnes incluant des profils divers peut par exemple se voir attribué la conception d'un niveau. La liberté est ensuite laissée à ces derniers quant à la manière dont ils vont aménager leurs emplois du temps pour parvenir à rendre le boulot à temps. Evidemment, personne n'a envie d'être celui derrière lequel se cache la partie du jeu la moins aboutie. De ce fait, les équipes sont stimulées en permanence par une sorte de petite compétition interne et une pression assez importante pèse sur chaque développeur.

Le studio Naughty Dog est également réputé pour l'intensité des périodes de crunch qu'il fait vivre à ses salariés. Vers la fin du développement d'un jeu, un coup de collier est en effet nécessaire pour finaliser un projet. Il n'y a alors plus réellement d'emploi du temps mais plutôt un vaste champ de bataille au sein duquel tout le monde se débat pour faire au mieux afin de livrer un jeu aussi propre possible. Les employés terminent généralement épuisés mais cela fait aussi partie de la culture Naughty Dog.