Grâce au contrat signé avec Universal, Jason et Andy se voient placés dans une situation inédite. Pour la première fois, il leur est offert la possibilité de constituer une équipe pour bosser sur le projet de leur choix. Avec la puissance financière de leur nouveau partenaire, Naughty Dog peut enfin franchir un nouveau palier. Sur le chemin qui les mène à Los Angeles, les fondateurs du studio commencent à envisager la suite de leurs aventures. Comme pour Way of the Warrior, ils décident de prendre en compte l'évolution du marché et penchent ainsi pour un jeu de plates-formes avec un héros à l'identité forte. Façon Mario ou Sonic. Leur ambition démesurée les pousse ensuite à se demander ce qu'une production de ce type pourrait donner en 3D. C'est-à-dire avec une caméra (appelée « Sonic's ass ») placée derrière le personnage. Quelque part, dans l'esprit des deux amis, Crash Bandicoot est né.

Rapidement, l'idée d'utiliser un animal pour dessiner l'apparence du personnage principal est adoptée. Plusieurs livres sont donc épluchés jusqu'à ce que le studio tombe sur le portrait d'un drôle de petit marsupial : le Bandicoot. Une apparence mignonne, un nom rigolo, il n'en fallait pas plus pour que ce dernier gagne le droit d'être transposé en jeu vidéo. Après quelques réunions animées, le personnage perd son nom initial, « Willy the Wombat » (« Wez » et « Wuzzles » ont aussi été envisagés), pour devenir Crash Bandicoot. Côté direction artistique, l'inspiration principale est en revanche à chercher du côté des Lonney Tunes. Les idées réunies, Naughty Dog va une nouvelle fois emprunter le bon chemin en s'adressant aux bonnes personnes. A l'intérieur de la petite équipe qui constitue le studio, on est en effet persuadé qu'il y a une carte à jouer avec Sony. En effet, si Nintendo a Mario et SEGA, Sonic, la société nippone ne possède pas réellement de mascotte. Et pour cause, cette dernière est sur le point de lancer sa première console : la PlayStation. Relativement ouvert aux développeurs indépendants, Sony ne rechigne pas à donner un kit de développement à Naughty Dog. Les deux entreprises partent du bon pied. Le constructeur japonais est même surpris du travail fourni par ces développeurs américains. Tant et si bien qu'ils finissent par devenir les éditeurs du projet de Naughty Dog, Universal occupant plus un rôle de simple partenaire financier.

Crash Bandicoot sort en 1996 sur la toute fraîche PlayStation. Le jeu est généralement salué pour son côté divertissant. En soi, les mécaniques de gameplay restent classiques mais on perçoit déjà un vrai savoir-faire chez Naughty Dog. La caméra ne déraille jamais. Les développeurs jouent avec le sens de défilement autant qu'avec les angles de vue afin de créer des situations variées. A tout cela s'ajoutent un style visuel unique et un personne principal éminemment sympathique. Mais si la 3D permet de changer notre manière de percevoir chaque niveau, elle est en revanche loin de révolutionner le genre. C'est sur ce point, ainsi que sur le dosage approximatif de la difficulté qu'insistent d'ailleurs les détracteurs de Crash Bandicoot. La comparaison avec Super Mario 64, sorti un peu plus tard, fait aussi du mal au jeu de Naughty Dog. Nintendo et Miyamoto parviennent à frapper un grand coup avec les premières aventures en 3D du plombier moustachu. Pour les platformers et même, l'industrie du jeu vidéo en général, le vrai bouleversement se situe là. En termes de gameplay, il n'y a pas photo. Reste que Naughty Dog a tout de même réussi son pari. Le succès de Crash Bandicoot est réel. Il dépasse même les frontières des Etats-Unis. Il s'agit en effet du premier jeu américain à atteindre le million d'exemplaires vendus au Japon. Il aura fallu quelques modifications pour changer le design du personnage de Crash – le rendu est arrondi, moins « agressif » – et une campagne marketing forte mais le résultat est probant.