Définition : "L'endoctrinement des Moissonneurs est un mode de corruption intrusif des esprits organiques, une "reprogrammation" cérébrale impliquant le conditionnement physique et mental du sujet au moyen de champs électromagnétiques, d'émissions infrasoniques et ultrasoniques, entre autre méthodes subliminales. Le contrôle qu'exerce le Moissonneur sur le système limbique du sujet le rend hautement réceptif à la suggestion. Les êtres organiques soumis à l'endoctrinement souffrent de maux de tête et de troubles auditifs. A mesure que le temps passe, ils se sentent de plus en plus "observés" et sont victimes d'hallucinations "spectrales". Shepard était-il endoctriné lorsqu’il se retrouve devant le Catalyseur dans l’obligation de choisir la voie finale de Mass Effect 3 ? Les Moissonneurs l’ont-ils déjà sous contrôle ou n’est-ce qu’une illusion ? Les avis divergent et la réponse, elle, reste en suspens. Mais Shepard a trop souvent été en contact avec des artefacts prothéens (voire avec Sovereign lui-même) et ses chances d’avoir été « contaminé » et donc endoctriné sont nombreuses, comme en témoigne l’apparition de visions, dans lesquelles il voit les attaques de Moissonneurs, quand il n’entend pas leur voix. Peut-il être immunisé contre l’IT alors qu’il en présente les symptômes ? Dans Arrivals, le docteur Kenson découvre un artefact et le présente à Shepard qui s’effondre instantanément, à nouveau victime de visions. Pour certains, c’est le point de départ de l’endoctrinement de Shepard, illustré par des ombres huileuses entourant son corps. Est-ce le fait d’être un homme organique et synthétique qui lui permet de résister autant, pendant que les autres, tel Kenson, changent radicalement de comportement en quelques heures ? Toujours est-il que Shepard ne semble donner aucun signe de faiblesse. Mais alors, pourquoi endoctriner le Commandant plutôt que le tuer simplement ? Parce que les Moissonneurs le considèrent comme une avancée technologique à lui seul, une créature organique / synthétique unique au monde.

De fait, les tentatives de rallier Shepard à leur cause vont se multiplier à travers les épisodes. L’une des plus équivoques reste sans doute cet enfant que l’on voit dès les premières minutes de ME3. Ce gosse qui ne veut pas être secouru alors que les Moissonneurs attaquent, ce même enfant qui montera seul dans un vaisseau sans que les gardes pourtant présents ne l’aident pour grimper. L’ont-ils seulement vu ? On ne le saura jamais puisque quelques secondes après le décollage, l’aéronef explosera sous le feu de l’envahisseur. A ce moment précis, Shepard commencera à cauchemarder et à voir cet enfant qu’il essayera d’atteindre en lui courant après. A chaque fois qu’il y parviendra, les deux disparaîtront dans les flammes. S’agit-il vraiment d’une tentative d’endoctrinement ou d’un message alertant Shepard sur l’issue inéluctable de ce combat contre les Moissonneurs perdu d’avance (on notera encore une fois la présence de masses huileuses). La Bataille de Londres lèvera de nombreuses zones d’ombre sur l’endoctrinement qui, de fait, expliqueront certainement incohérences scénaristiques. Toute la suite : les événements, la montée dans Citadelle, la rencontre avec le petit garçon, le choix à faire qui conclura l’histoire... Tout cela est-ce une illusion ? Tout porte à le croire, car comment expliquer que Shepard puisse respirer sans son casque après l’explosion de la Citadelle alors qu’il n’est pas censé se retrouver là ? Comment ne pas trouver étrange que le choix de détruire les Moissonneurs soit la solution conciliante et celle de les contrôler l’option pragmatique ? Est-ce une manière de brouiller la pensée du Commandant qui, par facilité, s’orienterait du coup vers la synthèse et du coup se suiciderait ? Comment ne pas interpréter certaines actions et ne pas aboutir à la conclusion que finalement, Shepard n’est pas une mais trois personnes, Anderson représentant sa résistance à l’endoctrinement et l’Homme Trouble (TIM), sa face endoctrinée ? Et du coup, comprendre les raisons qui poussent TIM à intimer l’ordre au Commandant de tirer sur Anderson, sous-entendu le seul obstacle qui l’empêche d’être endoctriné. Anderson blessé au flanc gauche, Shepard le sera exactement au même endroit quelques instants plus tard. Curieux ? Pas vraiment si l’on accepte l’idée de l’IT. Encore moins lorsqu’on se rend compte que l’Homme Trouble et Anderson, souvent réunis dans la même pièce, ne se parlent jamais. L’épilogue fourmille de détails qui nous autorisent à croire en la théorie de l’IT. Après, chaque interprétation reste dans la nature, mais il serait quand même curieux que BioWare, réputé pour engager des scénaristes de renom, fabrique une aventure exceptionnelle sur une centaine d’heures pour se manquer totalement dans la chute. On se laissera donc convaincre par cet aspect métaphysique du jeu, qui a réussi son office, à savoir torturer l’esprit des joueurs jusqu’à la dernière minute de cette trilogie de légende.