Les rapports entre certains thèmes ne sont pas toujours aussi clairs dans la série. Ainsi, on peut se demander pourquoi celui du menu du jeu est presque toujours identique à celui des fontaines des fées.
https://www.youtube.com/watch?v=IljKQ1BdHKIIl n'y a pas de réponse évidente à ce sujet et l'on ne peut que spéculer sur la cause ou le message caché derrière cette utilisation systématique. Est-ce une façon d'inviter le joueur à s'immerger dans un univers aussi magique que les fées et à laisser derrière lui le monde rationnel ? Ou bien est-ce une simple référence à leur pouvoir de réanimation dans la série, ce qui laisserait supposer que chaque début de partie est une renaissance en soi ? Mais il se pourrait également que ce thème ait été placé là simplement parce que, calme et agréable à écouter, il est approprié à servir musique d'attente. N'extrapolons donc pas trop.
La symbolique des fées et son évolution au cours de la série peuvent être vues de façon plus simple dans la reprise dans Oracle of Ages/Seasons du thème particulier à Link's Awakening. Pourtant sorti presque dix ans après, à une époque où Ocarina of Time et Majora's Mask avaient déjà démocratisé le thème écouté précédemment que nous connaissons mieux aujourd'hui, le diptyque Oracle of Ages/Seasons se réfère à un épisode marginal de la série, ce qui est plutôt inattendu. L'unique point commun entre ces deux aventures est qu'elles se déroulent en dehors du royaume d'Hyrule, l'une sur l'île Cocolint, l'autre sur le territoire d'Holodrum. La symbolique hylienne joue donc un rôle minime ici, ce qui explique certaines prises de liberté au niveau musical, voire même une volonté de démarquer ces deux univers de celui d'Hyrule...
Les mystères restent très présents au fil de la série, et la répartition des musiques est parfois aussi nébuleuse que les théories au sujet de la timeline. On peut par exemple se demander pourquoi le début du thème du personnage de Groose, dans Skyward Sword, reprend note pour note celui de Syrup, la sorcière des premiers épisodes, mais également l'arrière-plan rythmique et harmonique du thème des pirates de Wind Waker.