Deux ans à peine après l'accueil enthousiaste du premier épisode, Phantasy Star II débarque sur Megadrive pour le plus grand bonheur des fans de la saga. L'histoire se déroule mille ans après la victoire d'Alis sur le cruel Dark Falz. Dans la peau d'un agent gouvernemental nommé Rolf, le joueur doit enquêter sur les événements inquiétants qui se multiplient depuis peu sur la planète Mota, controlée par le super-ordinateur Mother Brain. Plus beau et plus long que son prédécesseur, le soft en reprend globalement le principe mais la vue subjective a été abandonnée dans les donjons. Il y a 8 personnages jouables au lieu de 4 et chacun d'eux dispose de son propre inventaire. Il est possible d'accélérer considérablement les combats en utilisant une fonction qui permet à toute notre équipe de répéter automatiquement les mêmes actions lors du tour en cours. Désormais appelés Techniques, les sorts sont déclinés en plusieurs variantes coûtant de plus en plus de points de magie à mesure que leur puissance s'accroît.
Séduits par le scénario original et bien ficelé de Phantasy Star II, beaucoup de joueurs de l'époque ont néanmoins critiqué la difficulté excessive du soft qui nécessitait des heures de leveling et des nerfs d'acier pour éviter que l'aventure ne tourne au carnage. Conscient de cela, Sega avait d'ailleurs décidé d'inclure une carte de Mota ainsi qu'un petit livret bourré de conseils avec la cartouche du jeu. Au final, Phantasy Star II reste toutefois un excellent jeu de rôle 16-bit, et même s'il a assez mal vieilli (la multiplication des combats aléatoires ne passe plus de nos jours), il fait incontestablement partie des grands classiques du genre. Notez qu'un spin-off connu sous le nom de Phantasy Star II : Text Adventure est sorti au Japon en 1990 sous la forme de 8 épisodes téléchargeables via le modem Sega Meganet. Ces derniers n'ont jamais été traduits officiellement et sont pratiquement introuvables aujourd'hui.