Si la série Assassin's Creed reprend bon nombre de faits historiques, sa trame principale repose sur une dualité ancestrale entre Templiers et Assassins. Les Templiers sont dépeints comme manipulateurs, menteurs et avides de pouvoir. Et n'importe quel événement passé, qu'il s'agisse d'une guerre, d'une grande découverte ou encore de l'élection d'un président est contrôlé de près par les Templiers. Leur but est clair : dominer le monde. De leur côté, les Assassins sont loyaux, courageux et au service du peuple. Depuis la nuit des temps, ces deux groupes se livrent une guerre impitoyable, à l'insu de tous.

Dans les jeux, le pouvoir des Templiers est tel que l'ordre est capable de faire obéir la population à sa guise. Les Templiers manipulent le peuple et contrôlent les personnages les plus puissants sans souci. La quête des Assassins devient alors claire : trouver la source de ce pouvoir et s'en emparer si possible. Il se trouve que la puissance des Templiers (hormis leur nombre et leurs ambitions) provient directement de certains objets en apparence magiques, les artefacts. Ces objets, mystérieux et d'origine incertaine, sont à présent disséminés un peu partout dans le monde. Aujourd'hui, le seul moyen de mettre la main dessus est de retourner dans le passé, revivre les périodes les plus troubles de l'Histoire et espérer identifier les artefacts et trouver l'endroit où ils se trouvent.

Avec ces deux forces en présence, il serait facile de qualifier le scénario d'Assassin's Creed de relativement manichéen. Cependant, si les intentions des Templiers sont claires, il n'en est rien en ce qui concerne les Assassins. Si leur but premier est d'empêcher les Templiers de nuire, on ne sait pas ce qu'ils comptent faire s'ils gagnent la guerre qui les oppose. Il est fort possible qu'ils aient en réalité les mêmes penchants pour le pouvoir que leurs ennemis...