Parmi les jeux dotés d'un excellent scénario, Assassin's Creed fait indéniablement partie des meilleurs. En plus de proposer une histoire qui tient relativement bien la route (si on met de côté les éléments magiques), la série pose véritablement des questions, au travers d'énigmes bien ficelées. Elle tente même de répondre à des questions que tous se posent, telle que l'origine de l'Homme, tout en exposant des faits bien réels (quoique légèrement transformés pour des besoins scénaristiques). Le fait est que de nombreux joueurs spéculent, s'interrogent et finissent même parfois par se demander si ce n'est pas réel. Il faut tout de même faire la part des choses et garder l'église au milieu du village : il s'agit d'une fiction. Rien de plus. Bien sûr, les développeurs jouent sur la corde sensible et mélangent plusieurs croyances populaires, comme l'hypothétique fin du monde en 2012, les Annunakis (« les êtres qui étaient là avant », créateurs des hommes) et se servent de l'occultisme et de la méconnaissance de l'Ordre du Temple.