Assassin's Creed II reprend tous les aspects positifs du premier opus et laisse tomber les mauvais, en améliorant encore le tout. La très bonne nouvelle, c'est que le côté répétitif est passé à la trappe. Les missions ainsi que les cibles sont nettement plus nombreuses et plus variées, il y a plus de villes et elles sont encore plus grandes. Le réalisme est encore amélioré. Non seulement les villes fourmillent de plus de détails qu'auparavant (plus d'échoppes, de gens qui circulent en ville, qui discutent, le carnaval de Venise, etc.) mais la précision des faits historiques et des dates est remarquable. Ainsi, on a droit à une reproduction parfaite des événements et on assiste en direct, entre autres à l'attaque contre les Medicis à Florence, aux intrigues politiques de Venise ou encore à la montée fulgurante au pouvoir des Borgia (Rodrigo devenant le pape Alexandre VI).

Outre ces aspects, le jeu est aussi plus joli que le premier. De nombreuses quêtes annexes (assassinat, courses, etc.) viennent s'ajouter au tableau. Le scénario est enfin plus soutenu et ne se contente pas de meurtres à la chaîne. Même les missions principales ne consistent pas toujours à éliminer un personnage. Il peut s'agir de repérer les lieux, sauver des mercenaires prisonniers ou encore tester de nouvelles armes. A ce propos, Ezio fait la connaissance du célèbre Leonardo da Vinci, inventeur génial qui viendra souvent en aide au joueur, en lui fabriquant toute une panoplie d'objets. Le jeu est également plus dynamique puisque quelques séquences se passent à bord d'un chariot, de gondoles ou même dans les airs, grâce à une machine volante conçue par Leonardo.