Avec Brotherhood est aussi apparu un mode multijoueur pour la série. Développé par Ubisoft Annecy, celui-ci propose plusieurs modes de jeu, se basant sur le principe du solo. Ainsi, en fonction des objectifs, le joueur devra en assassiner d'autres ou sera, au contraire, une proie sans défense qui n'aura d'autre choix que de se cacher. Un système d'expérience et de niveaux permet de débloquer des compétences, des atouts et des bonus de série (d'élimination ou d'échec) qui sont alors employés durant le jeu. Il est par exemple possible de prendre l'apparence d'un PNJ, d'utiliser des bombes de fumigène, d'employer le pistolet ou encore d'escalader plus rapidement les murs, entre autres. Tout comme dans le mode solo, on peut jouer la discrétion et l'infiltration ou se comporter comme une brute épaisse. Mais faire profil bas permet souvent d'être plus performant. Car une jauge de discrétion varie en fonction du comportement du joueur. Plus il est furtif et plus il récolte de points s'il tue la bonne cible.

Certains modes sont jouables en « solo ». Il s'agit de jeux du type chacun pour soi, comme la traque (chaque joueur doit éliminer un joueur spécifique) ou encore l'assassinat (tout le monde peut tuer tout le monde). Tandis que d'autres proposent de coopérer pour éliminer l'équipe adverse. A titre d'exemple, dans certains cas, une équipe doit protéger un VIP tandis que les adversaires essayent de l'éliminer. Un autre mode propose à un groupe de se cacher pendant qu'un autre le traque en vue de le supprimer. Le multijoueur est réussi et est un bon complément au mode solo. On peut d'ailleurs être surpris par sa qualité, pour une licence qui a toujours proposé des jeux exclusivement solos jusque-là.