James arrive à Silent Hill après la mort présumée de sa femme Mary. Guidé par une mystérieuse lettre, il se dirige vers le lac Toluca, où le couple avait l'habitude de flâner. Tout en gardant l'espoir de revoir son amour, il prendra conscience de la vérité, au fur et à mesure de l'aventure.
Silent Hill se transforme littéralement en un vrai cauchemar, et d'horribles créatures se meuvent devant vos yeux. Mais des individus plus inoffensifs sont également sur votre chemin : Angela Orosco une jeune femme triste et pessimiste, Eddie Dombrowski un employé dérangé d'une station service, Laura une petite fille espiègle et Maria une ravissante danseuse qui ressemble étrangement à Mary. L'observation et la fréquentation de ces personnages, ainsi que de chaque monstre le ramène petit à petit à la réalité. Ses vrais souvenirs resurgissent finalement et James se rappelle de son triste passé. C'est en fait lui qui a tué sa femme, étant trop bouleversé par sa maladie. James ne peut s'avouer son acte terrible et son refus de la vérité le condamne à une vision du monde totalement hallucinée. La lettre de sa femme, le personnage de Maria, les monstres... Tout cela n'est que le fruit de son imagination, résultat de sa culpabilité. Selon la fin officielle, James trouve le repos en se suicidant dans le lac, aux côtés du corps de sa femme. Ainsi, il accepte son passé et absout ses péchés grâce à la ville de Silent Hill.