La fin du premier opus voyait la destruction d'Halo. L'anneau s'était effectivement révélé être une arme d'une puissance inimaginable construite par une ancienne et mystérieuse race : les Forunners. Les Covenants sont quant à eux persuadés que l'anneau, une fois initié, leur permettra d'entamer le "Grand Voyage" annoncé par leurs prophètes. Halo 2 s'ouvre sur le procès d'un commandant Elite (l'une des races de l'alliance Covenant) auquel on reproche d'avoir laissé les humains détruire Halo. Il devient alors l'Arbiter, un guerrier déchu de son commandement censé mourir au combat contre les hérétiques tout en permettant à son peuple de se lancer enfin dans le "Grand Voyage". Halo 2 est donc dès le départ marqué par un parallèle intéressant. Si du côté des humains, on félicite le Master Chief pour ses exploits, de l'autre, on juge et on condamne un puissant combattant, un combattant que l'on pourra d'ailleurs incarner et qui contre toute attente, finira par retourner sa veste en comprenant finalement la véritable nature de sa mission...

Halo 2 marque aussi l'escalade du conflit, puisque le jeu voit finalement une flotte Covenant apparaître à proximité de la Terre. Il est d'ailleurs assez amusant de voir qu'il ne s'agit pas là d'une attaque en bonne et due forme et que ladite flotte tombe sur notre bonne vieille planète bleue plus ou moins par hasard. S'ensuivront des combats à la surface, dans la ville de New Mombasa qui aboutiront à la destruction de la flotte. Le vaisseau amiral alien parvient pourtant à s'enfuir, entraînant involontairement à sa suite un bâtiment de guerre humain, l'In Amber Clad, sur lequel est parvenu à monter notre fier Master Chief. Ce dernier aura alors la surprise de découvrir un nouvel Halo !

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Sans entrer plus avant dans les détails, disons simplement qu'il s'agira là d'une deuxième occasion pour le Spartan de se frotter aux Floods et de faire parler la poudre. Du côté des Covenants, des discordes majeures entraînent un semblant de guerre civile qui voit s'affronter les Elites, déconsidérés par la "trahison" de leur Commandant, et les Brutes, une race aux propriétés simiesques assoiffée de sang et de pouvoir. De fait, les humains vont finalement s'allier aux Elites pour tenter de mettre un terme au chaos ambiant et surtout à la menace grandissante des Floods. Le jeu se conclut de manière aussi abrupte que frustrante : Cortana se retrouve coincée entre les griffes des Floods et une flotte d'invasion Covenant, dirigée par les Brutes lance une attaque d'envergure sur la Terre.