En plus de son principe innovant, STW offre au joueur un terrain de jeu original : le Japon médiéval. Pour être exact, le Japon de la période du Sengoku-Jidai qui a duré du milieu du XV° siècle au début du XVII° siècle et qui a vu le Pays du Soleil Levant ravagé par la guerre civile. Le joueur endosse donc le rôle d'un Daimyo (une sorte de gouverneur) à la tête d'un des clans qui se disputent le contrôle de l'Archipel. Le but ? Obtenir le titre de Shogun et réunifier le Japon après plusieurs siècles d'anarchie. Le tout à grand renfort de coups de katana dans la tronche et de ninjas assassins. Évidemment, tout cela ne se fait pas d'un claquement de doigts, et il va falloir compter sur la concurrence. En tout, ce sont sept clans aux noms imprononçables qu'il est possible d'incarner dans STW. Les Shimazu, les Takeda, les Uesugi, les Oda... que du beau monde, auquel s'ajoutent les bandits, voleurs et autres ronins qui peuplent le Japon et forment une faction à part. S'ils paraissent à première vue similaires les uns aux autres, il existe quelques caractéristiques qui les différencient. Outre des positions de départ différentes et plus ou moins enviables, chaque clan dispose d'une spécialité. Par exemple, les Imagawa recrutent de meilleurs espions alors que les Takeda produisent les meilleurs cavaliers (et de très bons sushis...)
Comme tous les Total War qui suivront, STW offre deux pans de gameplay différents. La carte de campagne où le jeu fonctionne en tour par tour et les cartes de batailles où les armées s'affrontent en temps réel. La première couvre l'ensemble de l'Archipel, orienté horizontalement pour l'occasion. Le joueur y recrute ses troupes, construit des bâtiments (une quinzaine en tout), y gère ses provinces et y planifie sa stratégie. Armées et agents y sont représentés sous la forme de pions qui peuvent chaque tour traverser une province et une seule. Une exception toutefois : il est possible à une unité de se déplacer instantanément entre deux provinces disposant chacune d'un port. Pour mener à bien sa conquête, en plus de ses armées, le joueur dispose d'un certain nombre d'agents, des unités spécialisées qui ne se battent pas mais remplissent d'autres tâches. Des émissaires (qui permettent de sceller des alliances) aux ninjas (ayant la possibilité d'assassiner les généraux et agents adverses) en passant par les espions (qui révèlent des informations sur les provinces éloignées)... Mention spéciale pour les Geishas, sortes de super-assassins capables d'éliminer à elles seules une faction en tuant leur Daimyo. A chaque fois qu'un agent entreprend une action, une petite cinématique souvent pleine d'humour nous montre si ce dernier a réussi ou non, et le cas échéant, s'il a survécu.