Si MTW reprend les principes de STW, il les applique à une plus grande échelle, puisque la campagne de ce nouvel opus couvre non pas un seul pays mais bien l'ensemble du continent européen, auquel s'ajoute une partie de l'Afrique du nord et du Moyen-Orient, période de croisades oblige. Sur un terrain de jeu aussi vaste, il est clair que le choix des factions à diriger est bien plus varié que dans STW. France, Angleterre, Saint-Empire Romain-Germanique, Espagne, Égypte, Turquie, Empire Byzantin, Novgorod... Au total, une quinzaine de factions est disponible. Et celles-ci sont réparties en plusieurs groupes culturels ayant chacun un style graphique et musical différents ainsi que quelques éléments de gameplay spécifiques. Les factions catholiques peuvent par exemple lancer des croisades ou établir des alliances par l'intermédiaire de mariages. Quant aux Musulmans, ils peuvent déclarer un Jihad afin de reprendre un territoire envahi par les Chrétiens. Évidemment, ces différences se manifestent sur la composition des armées. Globalement, les Catholiques ont des armées assez similaires, même si chaque faction dispose d'unités uniques. Côté Musulman, il y a par contre une grande différence entre chaque royaume : le sultanat d'Égypte rassemble des unités de lanciers disciplinés supportés par des Mameluks alors que les armées turques composées au début essentiellement de cavaliers nomades se transforment peu à peu en une machine de guerre moderne encadrée par les janissaires. Même chose chez les Orthodoxes, puisque les armées de la principauté russe de Novgorod n'ont rien en commun avec celles de l'Empire Byzantin.
Vous l'aurez compris, la religion joue un grand rôle dans Medieval : Total War. C'est une des plus grandes nouveautés de cet épisode, puisque chaque province dispose d'un indicateur listant les différentes religions qu'elle abrite. Il va sans dire qu'un seigneur catholique aura du mal à maintenir l'ordre dans une province majoritairement musulmane, et vice versa. Heureusement, il est possible de convertir la population, soit en construisant un bâtiment religieux (église, mosquée...) soit en recrutant un nouveau type d'agent : les prêtres, imams et popes. Et non seulement ces derniers enseignent les dogmes de la vraie foi aux païens, infidèles et hérétiques, mais ils peuvent également servir d'espion en se promenant dans le territoire du voisin. Petite cerise sur le gâteau : la présence du Pape, représenté par une faction à part. Depuis son trône de Rome, le Saint-Père aime mettre son grain de sel dans les affaires européennes. Appel à la Croisade, excommunication des rois catholiques trop turbulents... Vous allez vite apprendre à le détester. D'autant plus qu'il est impossible de se débarrasser de lui : il reviendra régulièrement frapper à votre porte avec une armée conséquente si vous prenez Rome.