Si l'on reprend la chronologie narrative de la saga, Kingdom Hearts : 358/2 Days se situe très exactement après Chain of Memories et juste avant Kingdom Hearts II. Il relate le quotidien de Roxas au sein de l'Organisation XIII et fait la transition avec le volet PS2. Au lancement du jeu, on considère que certaines révélations de l'intrigue sont déjà connues, notamment en ce qui concerne la nature des membres de l'Organisation et l'identité de Roxas. Plus que jamais, il est fortement conseillé d'avoir terminé les précédents volets pour cerner toute la portée de l'intrigue. Cela dit, en dehors de quelques scènes majeures en fin de jeu, cet épisode DS n'est guère porté sur la narration et les révélations sont beaucoup moins nombreuses que dans les autres opus.
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L'histoire va nous permettre de suivre, au jour le jour, le quotidien de Roxas en tant que treizième membre de l'Organisation. Epaulé par le numéro VIII, Axel, et par le numéro XIV, Xion, une mystérieuse nouvelle recrue qui détient elle aussi une Keyblade, Roxas va tenter de comprendre qui il est réellement tout en accomplissant les différentes missions que lui confiera l'Organisation. Basés dans les hauteurs de la Zone Grise, un hall qui leur sert de quartier général, les membres de l'ordre se relaieront pour aider Roxas à s'infiltrer dans les mondes qui entourent le Kingdom Hearts. Oeuvrant dans l'ombre, ils n'auront guère de contact avec les personnages qui peuplent les univers Disney, ces derniers faisant simplement acte de présence dans cet épisode.
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Seul ou avec un allié choisi par l'Organisation, Roxas va donc affronter inlassablement les Sans-coeur, de sombres créatures qui errent à la recherche de coeurs et qui se divisent en deux catégories : les Pur-sang et les Sans-coeur emblèmes. Seuls les derniers abandonnent des coeurs quand on les neutralise avec une Keyblade, et c'est justement de ces coeurs que l'Organisation a besoin pour restaurer le Kingdom Hearts afin que chacun d'entre eux redevienne complet. Les membres de l'ordre ne sont en effet que des Simili conçus à partir d'êtres humains dépossédés de leur coeur. Le rôle de Roxas et de Xion est donc crucial au sein de l'Organisation puisqu'ils sont les seuls détenteurs d'une Keyblade, mais bien des mystères entourent les circonstances de leur entrée au sein de l'ordre.