Même si le Phazon n'est plus une menace, la Fédération Galactique reste très inquiète concernant les métroïdes. Effectivement, quand on voit que Samus Sombre n'était à la base qu'un simple spécimen de métroïde infecté au Phazon, il n'est pas dur de deviner que les étonnantes capacités de ces êtres primitifs peuvent être un désastre pour la paix dans la galaxie. Comme pour Phaaze, la Fédération se dit qu'éliminer le problème à la source est la meilleure solution. Samus s'envole donc pour SR388, la planète d'origine des métroïdes, afin de les annihiler. Sur place elle découvre les différents stades d'évolution de la race, de plus en plus féroce. Mais après avoir vaincu la Queen Metroid, Samus ne parvient pas à achever le dernier spécimen de la race, une petite larve métroïde qui vient de naître devant ses yeux et qui la prend pour sa mère. Elle va donc confier cette larve à la station de recherche Ceres qui va l'étudier pour tenter de faire d'importantes découvertes médicales.

Mais les Pirates de l'Espace n'ont pas dit leur dernier mot. L'increvable Ridley va attaquer la station Ceres et en éliminer tous les scientifiques afin de voler la larve métroïde dans le but de la cloner. Samus poursuit donc Ridley vers Zebes, QG des Pirates de l'Espace. Après avoir visité la planète de fond en comble, battant de nouveau Ridley au passage, elle va retrouver la larve métroïde, qui a bien grandi. Cette dernière s'attaque à Samus mais finit par se rendre compte à la dernière seconde qu'elle s'apprête à tuer celle qu'elle considère comme sa propre mère, et l'épargne de justesse. Notre héroïne va ensuite mener un terrible combat contre Mother Brain. Mais alors que Samus est en très mauvaise posture et que la chef des Pirates de l'Espace s'apprête à porter le coup fatal, la larve métroïde se sacrifie pour sauver la chasseuse de primes. Mother Brain défaite, Samus s'échappe de la planète Zebes qui est entrée en phase d'autodestruction.

Maintenant que les métroïdes n'existent plus, des scientifiques, accompagnés de Samus Aran, partent faire des recherches sur la planète SR388 pour faire des études sur l'environnement qui a vu naître cette espèce. Malheureusement, ils vont découvrir ce qu'est « l'effet papillon », car les métroïdes étaient les seuls prédateurs des terribles Parasites-X, qui infectent un hôte jusqu'à le cloner, tuant l'original dans le processus. La pauvre Samus va vite être contaminée. Bien que les scientifiques réussissent à la sauver en retirant une partie de sa Power Suit et en lui injectant de l'ADN conservé de la larve métroïde qu'elle avait sauvée, le virus-X a pris possession de sa combinaison et s'est transformé en SA-X, clone surpuissant de la chasseuse de primes. Le SA-X prend d'assaut la station orbitale de recherche BSL pour faire proliférer le virus. Grâce à l'ADN métroïde, Samus est maintenant immunisée contre ledit virus et peut même l'absorber. Elle va donc se rendre sur la station BSL pour tenter d'anéantir les Parasites-X. Elle y découvre avec étonnement que la Fédération Galactique y tient secrètement un élevage de métroïdes, malgré tout le mal qu'ils se sont donné pour détruire la race. Elle décide donc de détourner la station BSL pour la faire entrer en collision avec la planète SR388, détruisant les deux d'un seul coup. Elle s'échappe à la dernière seconde, non sans avoir vaincu un spécimen d'Omega Metroid, détruisant donc la race métroïde à tout jamais... du moins, à notre connaissance.