Comme vous avez pu le remarquer dans la première partie, les Metroid ne sont pas sortis dans l'ordre chronologique des aventures de Samus Aran. Nous allons donc tenter ici de raconter brièvement toute l'histoire de la saga dans le bon ordre. C'est parti !

On sait peu de choses sur l'enfance de Samus Aran. L'un des événements les plus importants ayant eu lieu dans sa jeunesse est sans doute la mort de ses parents sur la colonie spatiale K-2L, due à une attaque de Ridley, le général des Pirates de l'Espace. Samus, seule survivante de cet assaut, est sauvée par les Chozos, une race mystique et pacifiste. Suite à cette grande injustice, elle va grandir avec l'ambition de combattre le mal dans la galaxie, sans doute dans l'idée de pouvoir à nouveau affronter Ridley un jour. Elle va finir par devenir une grande chasseuse de primes qui effectue principalement des missions pour la Fédération Galactique, administration qui tente de faire régner la paix dans l'univers.

Un jour, la Fédération contacte Samus pour une mission très importante. Un groupe terroriste tente d'exploiter les incroyables capacités d'absorption d'énergie des larves métroïdes, une race primitive, afin de répandre le chaos dans la galaxie. Ce groupe terroriste n'est autre que celui des Pirates de l'Espace. Samus se rend donc sur la planète Zebes et réussit à défaire son némésis Ridley ainsi que la « chef » de l'organisation, Mother Brain. Mais alors qu'elle prend la fuite, son vaisseau est abattu et Samus doit s'infiltrer dans la base des Pirates de l'Espace sans sa Power Suit pour occire une version mécanique de Ridley et s'enfuir avec un autre vaisseau.

Trois ans plus tard, Samus doit à nouveau affronter les Pirates de l'Espace qui tentent d'utiliser les propriétés d'une substance chimique rare, le Phazon, toujours dans l'optique de faire régner le mal. Cette substance multiplie la puissance de tout être infecté, mais a aussi des répercussions dramatiques sur le comportement, rendant le contaminé incontrôlable. Les Pirates en ont découvert sur la planète Tallon IV. La chasseuse de primes s'aperçoit vite que le Phazon est arrivé sur cette planète suite à la chute d'un météore qui a causé l'extinction de la race hôte, les Chozo. Grâce à leurs écrits, elle réussit tout de même à atteindre le site de l'impact du météore pour combattre Metroid Prime et éliminer la menace.

Par la suite, la Fédération Galactique envoie Samus dans la galaxie Tetra afin de trouver un mystérieux « pouvoir suprême » indiqué par un étrange message télépathique. Elle devra se battre contre six autres chasseurs de primes à la recherche de ce pouvoir ultime, avant qu'ils ne se rendent tous compte que le message télépathique était un leurre envoyé par un monstre nommé Gorea, coincé dans une faille inter-dimensionnelle par les Alimbics. Samus réussit à détruire Gorea et s'enfuit avec les six Hunters.

Six mois plus tard, alors qu'elle arrive sur la planète Ether pour secourir des Marines de la Fédération Galactique, elle découvre que la planète possède un côté sombre, dans une autre dimension, suite au crash d'un météore, un peu comme sur Tallon IV. Non seulement elle devra combattre les Ing, sortes de démons pouvant manipuler n'importe quel corps, mais elle rencontrera à nouveau Metroid Prime, qui a survécu aux événements sur Tallon IV en absorbant le Phazon Suit de Samus, mutant ainsi en une version démoniaque de cette dernière appelée Samus Sombre. Après un combat acharné, Samus se défait de son alter ego et rétablit l'ordre sur Ether.

Néanmoins, ni Samus, ni la Fédération Galactique n'avaient prévu que les Pirates de l'Espace étaient en train d'entreprendre une invasion de masse. Les terroristes aliens, dirigés par Meta Ridley et Samus Sombre, contaminent ainsi plusieurs planètes grâce au Phazon. La contamination devient pratiquement globale car Samus, d'autres chasseurs de primes et même la planète d'origine des Pirates de l'Espace sont tous infectés par la substance nocive. La Fédération Galactique finit par trouver l'origine de tout le Phazon de l'univers, la planète Phaaze. Samus doit s'y rendre au plus vite pour arrêter la propagation. Après avoir défait Samus Sombre (cette fois définitivement), ainsi que la planète Phaaze, tout le Phazon de l'univers devient totalement inoffensif.