Avec l'appui et les encouragements de Valve Software, Half-Life a connu de fervents soutiens de la part de développeurs de jeux indépendants grâce à Worldcraft, le logiciel de création de niveaux inclus dans les fichiers du jeu. Valve créa également un kit de logiciels de développement permettant aux développeurs de modifier le jeu et de créer des mods. Les deux outils ont été mis à jour de façon significative avec la sortie de la version corrective du jeu 1.1.0.0. De nombreux outils de soutien (y compris les éditeurs de textures, des éditeurs de niveaux rivaux comme QuArK) ont été créés ou mis à jour pour fonctionner avec Half-Life.

Rapidement, deux mods majeurs émergent du lot : Team Fortress et Counter-Strike. Initialement, Team Fortress (ou TF) était une modification pour Quake. En 1998, l'équipe australienne de Team Fortress Software travaille au développement du deuxième épisode de TF pour Quake 2 quand ils sont approchés par Valve, intéressé par un mode multijoueur pour Half-Life. C'est ainsi que Team Fortress Classic sort en 1999. Le principe est basé sur le Capture the Flag, mais le gameplay se fonde sur les classes de personnages. A chaque début de partie, on choisit parmi les neuf classes proposées (médecin, pyromane, mitrailleur, espion, soldat, éclaireur, ingénieur, artificier et sniper), possédant chacune ses propres armes (un lance-flammes pour le pyromane, un fusil de sniper pour le sniper, etc.) et ses propres caractéristiques de vie et de vitesse. Certaines classes sont plutôt orientées défense, comme l'ingénieur ou le mitrailleur tandis que d'autres sont plutôt axées attaque, comme l'éclaireur ou l'espion. Chaque classe a également ses propres grenades. Certaines donnent des hallucinations (les personnages apparaissent dans une même couleur), d'autres brûlent ceux qui passent dans leur zone d'effet ou lancent de la mitraille dans toutes les directions. TF est l'exemple même de jeu multijoueur au gameplay très équilibré, avec des cartes extrêmement fun, et ne connaîtra pas de concurrents réels avant Return to Castle Wolfenstein.

Counter-Strike, l'autre mod de la fin des années 90 qui a grandement contribué au succès de Half-Life est la création de deux étudiants, Mink Le et Jess Cliff. Le principe du jeu est très simple : l'action se déroule en plusieurs manches, ou round, d'une durée maximale de 9 minutes. Une équipe de terroristes affronte une équipe contre-terroristes. L'équipe victorieuse est celle qui a rempli ses objectifs de victoire qui peuvent varier selon la carte, ou celle qui a éliminé tous les joueurs de l'autre équipe. À la fin de la manche, s'il n'y a pas eu victoire directe d'une des deux équipes, en fonction des objectifs de la carte, l'équipe qui ne les a pas atteints perd par élimination.

Contrairement à la plupart des jeux de tir multijoueurs basés sur le deathmatch, lorsqu'un joueur se fait tuer il ne ressuscite pas immédiatement après la mort, mais doit attendre le début de la manche suivante. Le joueur devient alors un observateur avec la capacité de suivre la suite de la manche à travers les yeux de ses coéquipiers, des joueurs adverses, ou encore en se déplaçant librement sur toute la carte. De plus, le joueur tué n'a plus de contact avec les personnages vivants et n'a donc plus aucune incidence directe sur la poursuite de la manche. Ajoutez à cela des armes au comportement réaliste, réparties en trois catégories : armes principales (fusils à pompe, pistolets mitrailleurs, fusils d'assaut, fusils de précision et mitrailleuses), armes secondaires (pistolets) et arme de corps-à-corps (couteau). Devant le succès toujours grandissant de Counter-Strike, Valve décide d'embaucher Mink Le et Cliff. En novembre 2000, la version 1.0 du jeu (la première version non bêta) est disponible. Valve ne se prive pas d'un tel engouement autour de son produit, puisque pour jouer à Counter-Strike il est nécessaire de posséder Half-Life. De fait, si Counter Strike n'était jamais sorti, il est probable qu'aujourd'hui plus grand monde ne se souviendrait de Half-Life, aussi génial soit-il.

D'autres mods multijoueurs très populaires ont ensuite peu à peu vu le jour : Day of Defeat, Deathmatch Classic (DMC), Action Half-Life, Natural selection… DMC a été mis au point en interne par Valve Corporation. Counter-Strike, Day of Defeat, et d'autres qui ont au départ été conçus par des développeurs indépendants ont plus tard reçu de l'aide de Valve. De nombreux mods solos ont également été créés, comme USS Darkstar (jeu d'action futuriste à bord d'un vaisseau spatial de recherche zoologique sorti en 1999). The Xeno Project 1 et 2, Edge of Darkness, (en 2000, qui utilise plusieurs modèles inutilisés par Half-Life). Half-Life : Absolute Redemption (en 2000, qui nous ramène dans la peau de Gordon Freeman pour quatre autres épisodes). They Hunger (2000-2001, une reconversion totale du jeu mettant en scène des zombies), ou encore Poke646 (en 2001, un prolongement du scénario original de l'histoire de Half-Life avec de nouveaux protagonistes et une amélioration graphique). Certains mods ont été par la suite distribués dans le commerce. Counter-Strike a ainsi été réédité en cinq versions différentes. Team Fortress Classic, Day of Defeat et Gunman Chronicles ont également été commercialisés en tant que stand-alone. Dix ans après la sortie du jeu, de nombreux fans continuent à programmer de nouveaux mods.

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