Premier problème : le projet de Valve est, à l'époque, bien trop en avance par rapport aux capacités du moteur vieillissant de Quake. En réalité des obstacles majeurs devaient être surmontés. A titre d'exemple, en raison de la mémoire limitée des PC de l'époque, les méthodes d'animation classiques ne pouvaient tout simplement pas fonctionner au vu du nombre d'animations voulues par personnage.

La réponse de Valve à ce défi a été la création d'un système d'animation squelettale. "Je voulais voir l'animation plus fluide, mais nous n'avions pas assez de mémoire", explique Ken Birdwell, le père du système. L'animation squelettale consiste en fait en la création d'os et d'articulations pour les personnages. ceux-ci se promènent donc dans l'environnement avec un squelette virtuel qui crée les mouvements vus à l'écran.

Le système d'animation squelettale a également permis de résoudre le problème de l'animation de la bouche des personnages, une révolution pour l'époque. Pour faire bouger les bouches dans le jeu, les développeurs créèrent des os dans le visage des personnages et s'en servirent pour manipuler les mouvements de la mâchoire et donc de la bouche.

Deuxième problème : L'IA, Valve passa des mois à développer une technologie qui permit aux ennemis de travailler ensemble et de réagir de façon réaliste. Et comme le dit si bien Stoub dans son test :

"L'intelligence artificielle fait vraiment la différence par rapport aux autres jeux. Dans Quake ou Unreal, les adversaires vous voient, vous tirent dessus, et c'est tout. Alors que dans Half-Life, ils réagissent de façon réaliste, communiquent entre eux... L'un d'eux par exemple fera un tir de barrage pour vous forcer à vous cacher derrière un mur, alors qu'un autre vous balancera une grenade. Si vous vous cachez, il viendra vous chercher, si vous lui tirez dessus il tentera de se protéger... Bref pour la première fois on a réellement l'impression de se battre contre des adversaires humains en réseau !"

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