Avec sa Master System, Sega n'a pas pu s'imposer face à Nintendo. A la fin des année 80, son rival détient plus de 90% du marché de chaque territoire. Sega passe donc à la vitesse supérieure en sortant sa nouvelle console en 1988, la MegaDrive. Gonflé de sa force tranquille, Nintendo attendra 1990 pour répliquer avec la Super NES, constatant que les charmes de la MegaDrive et de la PC Engine commencent à attirer les joueurs. Malgré des débuts un peu lents, un catalogue de jeux qui tarde à s'étoffer et un tarif supérieur à ses rivales, la Super NES va maintenir la place de leader de Nintendo. La console a pour elle de sérieux atouts, comme son fameux mode 7 qui permet de simuler la 3D ou le portage du hit d'arcade Street Fighter II dans une version quasiment identique faisant office de vitrine technologique. L'attente suscitée par la console a d'ailleurs engendré la première sortie événementielle d'une machine de jeu au Japon et la convoitise suscitée par la console pousse Nintendo à la transporter de nuit pour éviter les vols.

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La rivalité entre Sega et Nintendo va par ailleurs donner naissance au phénomène de guéguerre aussi bien entre les deux constructeurs qu'entre leurs fans respectifs. Un communautarisme qui est resté une spécificité de ce marché encore aujourd'hui, entre puérilité et véritable paranoïa.

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Fait marquant de l'ère SNES, le changement d'attitude de Nintendo à l'égard des éditeurs tiers à qui il commence à lâcher la bride notamment en mettant fin à son obsession de l'exclusivité. Par ailleurs, Nintendo sera amené à revoir sa politique en matière de censure. Auparavant, le constructeur imposait un certain "standing" aux jeux licenciés, jusqu'à la naissance de l'ESRB, organisme d'évaluation du contenu des jeux vidéo dont la création est une conséquence de la commission convoquée par deux sénateurs américains soucieux de la violence présente dans certains jeux. Mortal Kombat n'étant pas étranger à cette prise de conscience. Sortie conjointement sur SNES et MegaDrive, cette dernière version était bien plus violente puisque Nintendo avait imposé une censure du titre sur sa machine, le résultat se traduisit par des ventes plus faibles côté Nintendo. Avec l'apparition du marquage de l'ESRB, Nintendo estime qu'il peut relâcher la pression sur cette censure puisque l'ESRB le fait pour lui.

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Il est intéressant de noter que Nintendo n'a cessé qu'en 2007 d'assurer le suivi de la Super NES, faute de pouvoir fournir des pièces de rechange.