Mais alors qu'avec 2004 approche la fin du contrat liant Sports Interactive à Eidos, des divergences entre le studio et l'éditeur apparaissent. Sans que l'on sache vraiment quels étaient les sujets de discorde entre les frères Collyer et les patrons d'Eidos, les négociations pour un nouveau contrat n'aboutissent pas. C'en est fini du couple Eidos/Sports Interactive, après plus de dix ans de vie commune. Mais pas de la saga. Comme dans tout divorce, on se partage les meubles : Eidos garde les droits concernant le nom du jeu, Sports Interactive garde ce qu'il a créé, à savoir le moteur du jeu, la base de données, son réseau. Championship Manager n'est plus qu'un nom, une coquille vide. Eidos confie cependant au studio Beautiful Game Studios, qu'il a créé pour l'occasion, le soin de recréer un jeu à partir de rien pour pouvoir se servir d'un nom qui résonne aux oreilles des joueurs comme étant LA référence du genre. Mais Sports Interactive a conservé l'essence de la série, et les frères Collyer comptent bien continuer la saga comme ils l'entendent. Sports Interactive signe avec Sega, et renomme son jeu Football Manager, une licence que l'éditeur gardait au fond d'un placard. Grâce à Internet, tous les détails de cette séparation et de ce remariage sont connus des fans, et c'est tout naturellement que ceux-ci se tournent vers Football Manager 2005 lorsqu'il sort en 2004. Pour un grand nombre d'entre eux, ce jeu est la vraie suite de L'Entraîneur.
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Le jeu se base donc sur le moteur de L'entraîneur 4, avec une refonte graphique, et les habituelles améliorations, notamment en termes de précision et de cohérence des simulations (de matches, mais aussi d'entraînements, de rapports avec les dirigeants, les joueurs et les autres entraîneurs), du réalisme et de la précision de la base de données, etc... Fait intéressant, la base de données ne recèle plus vraiment de "surprises" comme dans les épisodes précédents : désormais, les développeurs préfèrent prendre des "paris" sur certains espoirs que leur indiquent les membres de leur réseau, en leur attribuant un gros potentiel. A vous de les trouver et de les faire progresser. Avec toujours, sur le Web, les fans qui mettent en commun leurs expériences. La présence d'un éditeur permet aussi de diffuser des bases de données alternatives : mises à jour des effectifs suite aux mercatos, mais aussi ajouts des joueurs fictifs, ceux de la série "Captain Tsubasa", par exemple. Sports Interactive a réussi à mettre la communauté des fans de son côté, et impose son jeu comme référence du genre. Dans la même optique, Football Manager 2006 sort en 2005. Les ajouts par rapport à la version précédente ne sont pas légion, mais il s'agit surtout de marquer le coup, de rester leader sans prendre trop de risques. La force tranquille, en quelque sorte... De même, on cherche à viser plus large, en sortant le jeu sur PSP et sur XBox 360, alors que le jeu était jusqu'alors réservé aux PC et aux Mac. Pari réussi : Football Manager 2006 se vend mieux que son prédécesseur, est surtout est médiatiquement plus exposé, s'imposant aux jeunes joueurs qui débutent dans le genre.
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