Avec Football Manager 2007, sorti en 2006, les premières critiques un peu virulentes apparaissent. Car si le jeu apportent son lot d'ajustements habituels, on lui reproche des bugs dans sa version commercialisée qui obligent les joueurs à attendre les patches pour pouvoir jouer sans incidents (des crashes de sauvegarde, notamment), et surtout de ne pas proposer assez de contenu nouveau. Pour autant, le jeu est une nouvelle fois un succès commercial, et reste le leader incontestable et incontesté en la matière. Encore une fois, la communauté des fans est mise à contribution, des consultations étant réalisées sur les forums de Sports Interactive afin d'inclure dans les versions suivantes ce que les fans attendent. Avec toujours des sorties sur PSP et XBox 360 plutôt bien accueillies, puisque la base de données, principal atout du jeu, est bien conservée.
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Pourtant, Sports Interactive semble ne pas avoir retenu la leçon, et sort en 2007 Football Manager 2008,version comportant de nombreux bugs qui rendent les simulations de matches incohérentes. De plus, encore une fois, on lui reproche de ne pas inclure suffisamment de nouveautés. Les critiques, y compris parmi les fans, fusent dès sa sortie et un patch voit très rapidement le jour afin de les calmer, avant que les deux patches habituels ne corrigent les quelques défauts restant. Au delà de cette déception initiale, force est de constater que le jeu est toujours fidèle à lui-même : à force d'ajouts successifs au fil des ans, d'améliorations en améliorations, il est devenu un must, un incontournable, non seulement dans son domaine, mais aussi dans les jeux de simulation en général : précis, complet, profond, intuitif, immersif, cohérent et réaliste, et surtout de plus en plus accessible. A chaque nouvel épisode, les joueurs sont comblés et ne se lassent pas, et de nouveaux joueurs se laissent tenter. Pourtant, le jeu est de plus en plus sujet à des critiques sur la lenteur des évolutions qu'il subit.
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Partant de ce constat, les frères Collyer décident de donner aux joueurs ce qu'ils attendent depuis longtemps : de la nouveauté. Football Manager 2009, dernier opus en date, a clairement pour objectif d'être un tournant de la série, tout comme L'Entraîneur 4 en son temps. Principale nouveauté, et pas des moindres : l'apparition de la 3D dans la simulation des matches. Désormais, si vous le souhaitez, vous pouvez voir des joueurs vaguement modélisés en 3D se mouvoir sur un terrain en 3D en lieu et place des habituels pions. Si en l'état le système n'est pas très intéressant, car relativement mal maîtrisé, et s'il s'agit là d'une entorse à des principes supposés acquis de la série -mieux vaut une 2D sobre mais efficace qu'une 3D clinquante mais pas très réussie, et le but n'est pas de simplifier les choses mais de les présenter dans leur complexité, il ouvre la porte à quelque chose de neuf dans la série : une synthèse entre une simulation cohérente et réaliste et une présentation réaliste de cette simulation. Dit autrement, on se rapproche d'un jeu où la précision de votre tactique compte et où vous pouvez voir vos joueurs suivre cette tactique comme si vous étiez réellement sur le banc. Si l'on y ajoute l'apparition des conférences de presse et l'augmentation de l'autonomie des présidents et du personnel des clubs (l'entraîneur adjoint par exemple), on obtient un résultat franchement encourageant. Sports Interactive semble décidé à innover et à remettre en question ses acquis pour proposer un jeu qui serait une simulation de management sportif complète et calquée sur la réalité, tant sur le fond que sur la forme. Seule ombre au tableau, le mode online a désormais disparu. Il sera remplacé par Football Manager Live, qui sera tout simplement le mode online du jeu accessible uniquement en payant un abonnement. L'idée est bien évidemment de maximiser les profits engendrés par le jeu, le studio n'ayant pour ainsi dire que lui comme sources de revenus.
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