L'histoire de Naruto peut se diviser en deux parties séparées par une ellipse de deux ans et demi durant laquelle Naruto va suivre un entraînement sérieux auprès de Jiraiya en vue de ramener Sasuke à Konoha. Naruto Shippûden ("la légende de la tornade") est le nom donné à la deuxième saison de la série animée qui fait suite aux 220 premiers épisodes de Naruto et qui correspond au volume 28 du manga. On découvre ainsi comment les choses ont évolué pour chacun des anciens élèves de l'académie. Tout le monde a progressé mais personne n'a véritablement changé, à l'image de Naruto qui n'est devenu sérieux qu'en apparence. Sakura est à présent l'élève de Tsunade, le cinquième Hokage, et connaît désormais d'importantes techniques de combat et de guérison. La plupart des amis de Naruto ont acquis le rang de Chûnin, certains sont même déjà Jônin et Gaara est devenu le nouveau Kazekage du village caché de Suna. Tous sont prêts à affronter les membres de l'Akatsuki, à commencer par Itachi Uchiha, sans oublier Orochimaru dont l'âme est sur le point de changer de réceptacle et de prendre pour hôte le corps de Sasuke. Comment ce dernier, qui s'est jeté lui-même dans la gueule du loup, va-t-il réagir ? C'est ce que l'on va découvrir tout au long de cette nouvelle série dont voici les principaux temps forts.
L'enlèvement de Gaara
Bien qu'il soit devenu le nouveau Kazekage du village de Suna, Gaara n'en est pas moins la cible de l'Akatsuki qui convoite Shukaku, le Bijû contenu dans le corps de celui-ci. Un duel s'engage avec Deidara qui n'hésite pas à prendre le village pour cible afin de déborder l'attention de son ennemi.
Le combat des marionnettistes
Cet arc décrit l'affrontement entre Sasori, le marionnettiste du sable rouge, et Chiyo, une vieille femme appartenant aux anciens du village de Suna. Sakura découvre, en même temps que le lecteur, quels sont les liens qui unissent ces deux individus résolus à se battre jusqu'à la mort. Bien qu'il soit passé maître dans son art, Sasori a fort à faire contre celle qui connaît sa façon de procéder puisque c'est elle qui lui a tout appris. Pour permettre à Sakura d'esquiver toutes les attaques de Sasori, Chiyo la manipule comme une marionnette à l'aide de fils de chakra. Sasori est alors contraint de dévoiler son vrai visage et de faire appel à son ultime pantin, le troisième Kazekage. En face de lui, Chiyo se bat avec les deux premiers pantins créés par Sasori à l'image de son père et de sa mère. Ses plus puissantes techniques sont celles des arcanes blancs, les dix pantins de Chikamatsu (Shirohigi : Jikki Shikamatsu no Shû) et le souffle dévastateur des trois trésors (Sanbô Kyûkai).
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La nouvelle unité Kakashi
Kakashi étant convalescent depuis ses combats contre les membres de l'Akatsuki et Sasuke étant toujours dans le camp adverse, Tsunade met en place une nouvelle unité Kakashi. Celle-ci est composée de Naruto, Sakura, Sai et Yamato qui devient le nouveau chef du groupe. Leur mission est de se rendre au pont de Tenchi pour rencontrer le mystérieux informateur évoqué par Sasori avant sa mort. Avec un peu de chance, ils pourraient découvrir l'emplacement du repaire d'Orochimaru où se trouve actuellement Sasuke.
De son vrai nom Tenzô, Yamato est un homme des services spéciaux qui a été choisi par Tsunade pour sa capacité à contenir Kyûbi dans le corps de Naruto à l'aide du rempart du retour à la source (Kakuan Nitten Suishu). Il peut jongler entre les techniques d'eau (Suiton) et de terre (Doton), puis les combiner pour recourir à des techniques de bois (Mokuton). Ce talent provient du fait qu'on lui a greffé des cellules du premier Hokage alors qu'il était le cobaye d'Orochimaru. Suivant les instructions de Tsunade, il garde un oeil vigilant sur Sai qui a été choisi par Danzô, un ancien opposant du troisième Hokage. Ses principales techniques sont la prison (Shichûrô) et la demeure (Shichûka) aux quatre piliers, l'enceinte de bois (Mokujô Heki) et les clones ligneux (Moku Bunjin). En combinant le rempart de terre mouvant (Doryû Jôheki) et le bassin de la cascade (Takitsubo), il peut même créer une véritable chute d'eau.
Issu des services spéciaux de Konoha, Sai provient de la "Racine", une faction clandestine fondée par Danzô. La "Racine" a fait de lui un garçon dépourvu de toute émotion et incapable de se comporter de façon naturelle avec autrui. Au contact de Naruto et Sakura, son visage inexpressif et son sourire provocateur vont laisser la place à des réactions plus humaines tandis qu'il prendra conscience de l'importance que peuvent avoir les liens d'amitié. Doué pour la peinture, Sai est capable de matérialiser toutes sortes d'animaux en les dessinant à l'encre sur un parchemin. C'est la technique de la toile aux monstres fantomatiques (Chôjugiga). Il ne se sépare jamais de son cahier de dessin dans lequel il a peint une histoire inachevée qu'il refuse de montrer à quiconque.
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L'embuscade du pont de Tenchi
Yamato, Sakura, Naruto et Sai se rendent au pont de Tenchi pour capturer l'espion de l'Akatsuki qui a infiltré l'organisation d'Orochimaru dans le but d'obtenir des renseignements sur Sasuke. Pour approcher l'espion sans éveiller sa vigilance, Yamato prend l'apparence de Sasori avant de réaliser qu'il a affaire à Kabuto, le bras droit d'Orochimaru. Un combat prodigieux est sur le point de s'engager entre un Kyûbi à quatre queues et l'ancien Sannin.
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Les retrouvailles avec Sasuke
Après presque trois ans de séparation, Naruto et Sakura retrouvent enfin la trace de Sasuke qui les attend dans le repaire d'Orochimaru. Plus décidé que jamais à mener à bien sa quête de vengeance contre Itachi, il est prêt à tout pour qu'Orochimaru lui confère le pouvoir qu'il convoite, quitte à couper les liens qui l'unissent encore à ses anciens camarades en éliminant Naruto.
