Plutôt intuitif en apparence, le système de jeu de Rogue Galaxy révèle toute sa richesse lorsqu'on y regarde d'un peu plus près. Bien que très peu de choses soient accessibles au départ, on peut facilement passer plus d'une heure dans le premier niveau à les découvrir en décortiquant les sous-menus. On peut ainsi régler tout un tas de choses propres aux combats, peaufiner sa stratégie et modifier son équipement en plaçant par exemple des boucliers élémentaires pour protéger les membres de son équipe. Quatre emplacements seulement sont relatifs à l'équipement des personnages, un pour l'arme de proximité, un pour l'arme à distance, un autre pour l'armure et un dernier pour le bouclier élémentaire. Ce n'est pas énorme mais c'est suffisamment dans la mesure où la gestion et l'évolution des armes représentent déjà un gros morceau du système de jeu.
Quasi parfaite, l'interface est aussi ergonomique que visuellement agréable, avec des icônes pour représenter le moindre petit objet. Le surplus d'items peut être entreposé dans les transporteurs, des points de sauvegarde qui permettent non seulement de gérer les stocks mais aussi de se téléporter à d'autres endroits du niveau. Contrairement à la plupart des RPG, on gagne vraiment du temps lors des déplacements grâce à ce système de téléportation qui évite les allers-retours contraignants. Une fois tous les transporteurs d'une planète dévoilés, la carte affiche la position de tous les coffres qui ont pu vous échapper. C'est le genre de détails vraiment bienvenus qui pousse à fouiller le jeu en profondeur sans lasser le joueur. De plus, il est possible de changer de personnage à tout moment en passant simplement par le menu principal,
Dans un souci d'enrichir et de pimenter les combats, les concepteurs ont eu l'idée d'agrémenter ces derniers d'une dimension plate-forme assez intéressante. Il n'est pas rare, en effet, de devoir composer avec le décor en sautant sur des tuyaux ou en se hissant sur des corniches pour aller chercher les ennemis. Pas franchement indispensable, la vue subjective est également autorisée, aussi bien dans les phases d'exploration que durant les combats, et une option permet par ailleurs de switcher entre une vue rapprochée ou plus éloignée.
A l'image du sphérier dans Final Fantasy X, Rogue Galaxy fait intervenir un système de grille appelé "hirameki", qu'il faut compléter afin d'acquérir toutes les techniques spéciales des personnages. L'objectif consiste dans un premier temps à trouver les éléments et les matériaux nécessaires, puis à les disposer sur la grille en fonction de ce qu'on veut obtenir. Ce système est d'ailleurs assez proche de celui de FFXII et se révèle particulièrement bien pensé.
A partir de la mission 6, vous aurez la chance de diriger le vaisseau librement dans l'espace, et notamment de revisiter la planète de votre choix via la carte de navigation spatiale du navire. Un peu court et globalement facile, Rogue Galaxy comporte un certain nombre de facteurs qui contribuent à cette relative facilité. Ainsi, même les membres passifs gagnent de l'expérience et les personnages vaincus ressuscitent après chaque combat. A l'inverse, les quêtes optionnelles se révèlent très difficiles à mener à leur terme, et il vaut mieux être vraiment motivé pour se lancer dans la recherche des costumes secrets ou des armes ultimes issues de fusions.
