On attaque l'aspect le plus intéressant du jeu, mais aussi le plus complexe. L'occasion de vous montrer toute la richesse du système de jeu et un aperçu des nombreuses subtilités qu'il offre. Tout cela risque de paraître assez compliqué au début mais il suffit de quelques parties pour comprendre la logique des combats et ne plus répéter les mêmes erreurs. Loin de casser le rythme des parties, l'écran de résolution qui interrompt l'action entre chaque tour permet de faire le point sur ce qui vient de se passer. Il compare de manière détaillée les points d'offense infligés par l'attaquant aux points de défense utilisés par le défenseur, et en déduit le résultat final. Si l'on est en attaque, il faut choisir parmi les cartes qui nous arrivent celles que l'on souhaite jouer en essayant de les enchaîner du mieux possible pour provoquer des combos et infliger un maximum de dommages. Si l'on est en défense, il faut choisir parmi ses cartes celles qui sont susceptibles de contrer les assauts de l'adversaire, à raison d'un item de défense pour chaque attaque.

Voilà pour les bases, maintenant il faut savoir que la plupart des armes et sorts infligent à la fois des dommages physiques et magiques qui doivent être parés de différentes manières. Tous les alignements magiques vont par paire : le feu et l'eau, la lumière et les ténèbres, le temps et le ciel, et toutes les cartes d'alignement contraire s'annulent. Ainsi, si vous avez la bêtise de jouer des armures rouges et bleues en défense, elles s'annuleront au lieu de s'additionner, et de même, des attaques de couleur contraire se soustrairont au lieu de venir grossir votre puissance de frappe. D'autre part, un bouclier bleu sera inefficace contre l'eau, il faudra donc tenir compte de la nature des attaques de vos adversaires pour trouver les bonnes parades. Un ennemi qui a des affinités avec l'eau sera très peu sensible aux attaques d'eau, mais vous aurez un bonus de points si vous jouez l'élément contraire contre lui, même si ses boucliers d'eau limiteront la puissance de vos attaques. Il faut donc jouer également avec les bonus et les malus de couleurs pour mettre toutes les chances de son côté.

Tout cela se complique encore plus quand on commence à parler des combos. Il est en effet indispensable de choisir des cartes qui s'enchaînent pour faire un maximum de dégâts, car certaines cartes puissantes ne se jouent qu'en dernière position pour conclure une combo. La limite maximale de cartes jouables autorisées en combo s'élargit au fil de la montée de niveau des personnages. Ce n'est pas tout, car vient un moment où chaque participant aux duels épuise sa pile de cartes et se voit obligé de passer son tour pour mélanger son deck, ce qu'on appelle le "deck shuffle".

De plus, on dispose généralement d'un temps limité pour défendre et même choisir ses cartes en attaque, ce qui oblige à jouer rapidement quitte à ne pas avoir le temps d'accéder à la carte défensive que l'on souhaiterait jouer. Il faut également signaler que comme dans tout RGP, les personnages sont susceptibles d'être victimes de changements d'état, comme le poison, le sommeil ou la brûlure, et qu'il faut alors attendre de tomber sur la carte adéquate pour les soigner.

Le système de combat permet même de découvrir des combinaisons secrètes appelées SP Combo pour Special Combo, qui combinent deux cartes complémentaires pour en faire une nouvelle. Toutes les nouvelles SP Combo découvertes sont répertoriées dans une page correspondante du sous-menu où l'on dénombre un total de 141 SP Combo. On finira avec les "prize", des bonus qui viennent s'ajouter au total des points lors de la résolution des tours si vous avez la bonne idée de tenir compte du chiffre inscrit en haut à droite des cartes pour former des suites ou des paires de chiffres.