Jadis, il est dit que les mers et les terres s'entrouvrirent et disparurent au point de devenir légendes. Pour survivre, les hommes furent contraints de trouver refuge sur des continents flottant dans l'immensité du ciel. A cette fin, ils virent au fil du temps leur morphologie se transformer pour que leur dos puisse accueillir des ailes appelées les "ailes du coeur". Tout semblait vouloir laisser croire que ce monde allait connaître la paix, lorsqu'un esprit pernicieux survint et commença à troubler peu à peu l'ordre établi. Pourtant, des êtres trouvèrent le courage de lutter, tel le jeune Kalas qui jura de se venger de celui qui tua sa famille, ou la courageuse Xelha qui voulut tout faire pour sauver le monde du mal qui le rongeait. Leurs destinées respectives furent amenées à se rejoindre, ainsi que celles de quatre autres personnages dont l'histoire retint les noms : Gibari, Lyude, Mizuti et Savyna. C'est ainsi que débute l'histoire de Baten Kaitos.