Mieux vaut apprécier le système de Magnus Cards quand on se lance dans Baten Kaitos, car même si la progression alterne entre l'action et les phases d'exploration ou les cut-scenes, les combats sont bien présents et souvent relativement longs. Si la moindre rencontre avec un ennemi nécessite déjà de bien appréhender le système de cartes et de combos, l'erreur n'est plus permise lors des affrontements contre les boss. Ils disposent non seulement d'une bonne réserve de points de vie mais aussi de combos souvent dévastatrices, et il faudra parfois s'y reprendre plusieurs fois pour trouver le deck le mieux approprié à la situation. Si vous appréciez le système de jeu, vous allez en tout cas vous régaler dans la mesure où on fait de nouvelles découvertes sur les propriétés des cartes et les combinaisons à chaque nouvelle confrontation. Les boss en question sont d'ailleurs particulièrement impressionnants, ce qui ne gâte rien.