Sur la frise temporelle des histoires du Professeur Layton, ce nouvel opus est donc chronologiquement antérieur aux trois épisodes déjà sortis sur DS. Le scénario se déroule en effet trois ans avant l'Etrange Village, ce qui signifie que Hershel Layton et Luke, son futur assistant, ne se connaissent pas encore. On assiste donc ici à leur première rencontre alors que le professeur enquête sur les agissements d'un mystérieux spectre contrôlé par la mélodie d'une flûte dont il est question dans l'une des légendes locales. L'action se déroule à Misthallery, une cité envahie par la brume et peuplée d'individus tous enclins à vous soumettre les énigmes les plus tordues. Cette aventure sera également l'occasion pour le professeur de renouer avec la jeune Emmy, une demoiselle pleine de ressources qui semble fascinée par notre professeur au chapeau haut-de-forme.

Réputée pour sa narration captivante et ses puzzles allant du plus accessible au plus redoutable, la série des Layton a su conserver au fil des années sa formule d'excellence tout en insufflant à chaque fois un grand nombre d'éléments inédits. Cette fois-ci, on nous propose plusieurs nouveaux mini-jeux à débloquer tout au long de l'aventure dans le but de mettre la main sur les 170 énigmes du soft, y compris celles composant les défis du professeur dans la section Extras du jeu. Déjà longue en ligne droite, la quête est agrémentée d'épreuves spéciales, dont une qui se débloque en attrapant les souris qui traversent parfois les écrans du jeu, sans oublier les énigmes hebdomadaires à télécharger. Le Mini Express est un train électrique qu'il faut conduire à bon port en plaçant des rails sur le terrain tout en essayant de ne pas se retrouver à court de carburant. Mais attention à la manière dont sont orientés les gares et les autres trains ! Les aquariums sont d'autres types de parcours destinés à un petit poisson qui se chargera de vous indiquer l'emplacement de certains indices cachés dans le décor. Dans chaque parcours, il faut placer des bulles pour modifier indirectement la trajectoire du poisson afin de récupérer toutes les pièces dans la limite du temps imparti. Enfin, le théâtre de marionnettes est l'occasion d'utiliser les expressions que vous aurez pu débloquer en résolvant certaines énigmes du jeu. Au cours des trois spectacles proposés, les marionnettes s'arrêtent parfois, et vous devez choisir le bon mot pour compléter la phrase en cours.

Les récompenses obtenues en résolvant les énigmes proposées par les NPC ou découvertes dans les environnements du jeu sont donc toujours gratifiantes, mais certaines se révèlent tout de même plus anecdotiques que d'autres. C'est le cas notamment des épisodes à visionner pour assister à des conversations spéciales entre certains personnages rencontrés au fil de l'aventure. Les objets de collection, nombreux et souvent bien camouflés n'ont également pas grande utilité au final. Sur un plan purement fonctionnel, on note l'apparition d'un batelier à certains endroits du jeu qui nous permet de gagner du temps lors des déplacements sur la carte en nous conduisant d'un quai à un autre en un clin d'oeil. La page des mystères abrite aussi un nouveau bouton « analyses du professeur » qui a le mérite de nous mettre davantage sur la voie au fil de l'avancée de l'intrigue. A l'instar du troisième volet, on dispose systématiquement de quatre indices pour résoudre toutes les énigmes du soft, le dernier nous donnant quasiment la solution en échange de deux pièces SOS. Les règles fondamentales de la série n'ayant pas changé, on gagnera toujours moins de Picarats après plusieurs tentatives infructueuses, ces derniers étant toujours requis pour débloquer les nombreux bonus du menu Top Secret abritant les galeries d'images, de voix et de vidéos...

Le soft a d'ailleurs bénéficié d'un soin tout particulier dans la mise en scène des situations, les événements les plus importants étant généralement doublés en français et présentés sous forme de séquences d'animation fort réussies. On retrouve bien la touche si particulière qui caractérise les Professeur Layton sur les plans visuel et sonore, l'ambiance collant toujours parfaitement à l'évolution tantôt tranquille, tantôt plus angoissante de l'intrigue. En fin de compte, la seule chose que l'on regrette réellement est l'absence du mini-RPG qui était inclus dans les versions japonaise et américaine du soft. Il s'agissait d'un jeu de rôle complètement inédit dans la série et offrant un nouveau regard sur les aventures du Professeur Layton. Nintendo a toutefois préféré supprimer ce mode qui aurait demandé un gros travail de localisation plutôt que de retarder la sortie du jeu. Pas sûr que les inconditionnels soutiennent l'éditeur dans sa décision car le fait de savoir que notre version n'est pas aussi complète que les autres reste tout de même assez frustrant.