Dans un monde céleste où les dragons protègent des îles flottantes prénommées Lagoon, un Empereur malfaisant désire gouverner le ciel. De par ses ambitions démesurées et afin de mettre ses plans à exécution, il tente de contrôler d'anciens dragons millénaires et sacrés disséminés sur chaque Lagoon. Kana est l'une des premières îles attaquées, et la résistance s'organise afin de repousser l'Empereur. De son côté, le roi de Kana accompagné de sa fille Yoyo tente de réveiller l'ancien dragon Bahamut endormi dans le temple Sacré et qui est censé les protéger. Mais celui-ci ne répond pas à l'appel. Les forces ennemies finissent par prendre le dessus, et l'assaut termine tragiquement. Des années après, plusieurs soldats de Kana se retrouvent sur un Lagoon et une nouvelle poche de résistance voit le jour. Rejoints également par de nouveaux alliés, le jeune capitaine Byuu et son escadron de dragons s'apprêtent à renverser l'empire une bonne fois pour toutes.

L'histoire de Bahamut Lagoon paraît donc très conventionnelle, puisque comme vous pouvez le voir il est une fois de plus question d'un Empire voulant dominer le monde et qu'il faut stopper. Le jeu se décompose en une trentaine de chapitres, et chacun d'eux se soldera par un combat. Ainsi en début de jeu, le joueur a vraiment l'impression que l'histoire sert surtout de prétexte afin de scénariser ces dits combats, rien de plus. Cependant l'intrigue est bien plus recherchée qu'elle n'y paraît. En effet et au fur et à mesure de l'avancée, vos personnages vont d'une part s'affirmer, avec l'émergence d'idéaux et autres sentiments humains. Et d'autre part, l'histoire s'ouvrira pour se centrer sur le vécu des dragons sacrés et de leur véritable rôle. Ainsi, le scénario finit par avoir une réelle consistance et captive le joueur jusqu'à la fin du jeu. Ne vous attendez cependant pas à une histoire extrêmement développée non plus, loin de là, l'accent étant surtout mis sur les combats.

Chacun de ces chapitres se compose en outre d'une phase jeu de rôle assez courte, qui est suivie d'une phase tactique précédant enfin le combat en lui-même. Pour la première phase, elle vous permet de parler avec vos compagnons à bord de votre vaisseau et de connaître notamment leurs états d'âme. Vous pouvez également visiter quelques Lagoons quand l'occasion s'y prête, n'hésitez pas d'ailleurs à fouiller chaque meuble ou autres caisses que vous verrez afin de dénicher de précieux objets. De manière générale, cette phase sert surtout à se réapprovisionner entre chaque combat, afin de se préparer convenablement, que cela soit pour équiper vos personnages ou nourrir vos dragons. Concernant la phase tactique, elle débute dès que vous lancez le combat via un de vos compagnons. Cette phase vous donne accès à un menu, uniquement accessible à ce moment-là, qui vous permet de faire quelques changements tels que modifier vos troupes, voire l'équipement et les statistiques de chacun ou encore vous entraîner afin de gagner en expérience. S'ensuit après le véritable combat en lui-même, sur lequel nous reviendrons un peu plus tard.

Votre effectif total se compose d'environ 30 personnages, dont certains se récupèrent en cours de route. Chacun d'eux possède sa classe de prédilection avec ses avantages et ses inconvénients. Durant les affrontements, vous contrôlez indépendamment 5, puis plus tard 6, équipes composées chacune de 4 personnages et d'un dragon. Vous pouvez absolument composer les équipes que vous voulez, mélanger les classes entre elles ou tout simplement garder la même classe prédominante dans une même équipe. La différence notable, outre bien sûr la façon d'attaquer, se situera au niveau des déplacements. En effet, si vous formez une équipe uniquement d'armures lourdes, la portée de leur déplacement s'en ressentira, alors qu'elle sera augmentée si vous les mélangez à des armures lumières plus légères. Cependant vous perdrez en puissance car plus une même classe est présente dans une équipe, plus fortes seront ses attaques sur la map.

Il faut différencier deux types d'affrontements sur le champ de bataille. La carte est semblable à un damier, les troupes ennemies y étant positionnées à différents endroits stratégiques et votre équipe souvent à un point de départ. Le jeu se fait ensuite au tour par tour, vous bougez vos 6 groupes, puis c'est à l'ennemi de faire de même. Une fois à la portée d'un groupe adverse, plusieurs options s'offrent à vous. Soit vous utilisez une attaque ou magie à distance, ce qui causera des dégâts au(x) groupe(s) ciblé(s) sans que ce(s) dernier(s) ne puisse(nt) répliquer. Les dégâts s'intensifient si plusieurs mêmes classes sont présentes dans le groupe qui attaque. Soit vous les engager au corps-à-corps, ce qui vous propulsera sur un nouvel écran semblable à n'importe quel jeu de rôle. Vos quatre compagnons font face aux ennemis constituant le groupe ciblé, et vous avez bien plus de possibilités au niveau de vos attaques. En contrepartie, les ennemis répliquent et vous restez bien plus exposé sur la map pour le tour adverse. Surtout que les ennemis ont bien plus de points de vie que vous, et avec une portée souvent supérieure qui peut très vite décimer une unité entière en un seul tour. Les rushs ne servent donc absolument à rien, mis à part vous faire annihiler très rapidement. Cependant, la maîtrise du terrain peut aussi faire la différence. En effet, les champs de batailles sont interactifs et vous offrent souvent de bonnes comme de très mauvaises surprises. Outre différents pièges à éviter, sachez que vous pouvez geler les cours d'eau afin de vous créer un chemin ou bien au contraire détruire un pont afin de couper tout accès. Dans la même idée, les arbres prennent feu si vous lancez un sort du genre sur une zone forestière, causant des dégâts à qui se trouvera dedans. Les combats ne sont donc jamais linéaires, une part de hasard ou une attaque mal ciblée peut très vite faire pencher la balance.

Mais ce qui fait la force et l'originalité de Bahamut Lagoon, et ceci à tout point de vue, ce sont bien entendu ses dragons. Il en existe deux catégories. D'un côté, vous avez les dragons sacrés en étroite relation avec l'avancée du scénario, et que vous pouvez invoquer durant vos combats pour une attaque à la portée supérieure et vraiment dévastatrice. De l'autre, vous avez vos six dragons qui accompagnent chacun de vos groupes et combattent à leurs côtés. Ces dragons possèdent aussi un système d'expérience tout comme vos personnages, mais qui, outre la montée de niveau, fonctionne assez différemment. En effet, vos dragons doivent être nourris régulièrement afin d'augmenter leurs statistiques et la puissance des éléments qu'ils représentent. Ils ne sont d'ailleurs pas pointilleux au niveau de leur alimentation vu qu'ils mangent tout ce que vous leur donnez, des armures en passant par les armes ou encore des consommables. Chaque objet a ainsi une répercussion bonne ou mauvaise sur les caractéristiques générales du dragon, qui évoluent physiquement lorsque certains paliers sont atteints. Il faut donc trouver un juste milieu entre équiper convenablement vos soldats tout en veillant à garder suffisamment d'objets pertinents à donner à vos dragons. Ce dernier choix étant à privilégier puisque du niveau des éléments du dragon dépendent les attaques et autres magies disponibles pour le groupe auquel il est associé. Par exemple, si un dragon est au niveau 6 pour l'eau, le niveau des attaques du groupe sera donc à 6 sur un maximum de 10 pour cet élément.

Mais le rôle des dragons ne s'arrête pas là. Ces derniers vous assistent donc en combat, mais de manière totalement autonome. Vous ne les dirigez que via trois ordres qui permettent soit de les garder près de vous et d'attaquer dès qu'un ennemi est à portée, soit de les laisser attaquer les ennemis à leur guise et n'importe où, soit de ne rien faire du tout. Ensuite, les dragons agissent par eux-mêmes et attaquent selon leur bon vouloir (et également en fonction de certaines de leurs caractéristiques) à distance ou au corps-à-corps. Puissants et résistants, ils sont particulièrement efficaces pour attaquer des cibles éloignées ou attirer l'attention sur eux pendant que vous avancez prudemment et manuellement vos troupes. Si par malheur l'un de vos dragons vient à être terrassé, celui-ci disparaît mais pas le groupe auquel il est rattaché. Alors que si l'une de vos 6 unités est totalement décimée, le dragon est éliminé lui aussi. Mais cela ne dure que pour le combat entamé, ils reviennent automatiquement pour les prochains. Sachez également que la partie est terminée si Byuu meurt, et pareil du côté adverse si tous les boss de la map sont terrassés. On mentionnera tout de même un léger point noir justement, à savoir le manque de difficulté. Autant les parties ne s'appréhendent jamais de la même manière, autant les ennemis ont tendance à s'obstiner à opter pour des choix vraiment peu judicieux. Si vous jouez un minimum tactique, vous verrez qu'il y a peu de chance d'avoir une quelconque unité de décimer, les dragons faisant une trop grosse part du travail. C'est sans doute la seule chose que l'on puisse vraiment reprocher à Dragon Lagoon.