Vous ne rêvez pas, Sonic 3 (contrairement à ses prédécesseurs) possède un scénario, certes léger, mais qui n'apparaît pas uniquement dans le manuel ! C'est ainsi que dès son arrivée sur Angel Island, Sonic, alors en possession des émeraudes du Chaos acquises dans le précédant opus, rencontre Knuckles l'échidné, qui va les lui subtiliser (après tout, ce sont les siennes). Reste à Sonic d'aller arrêter le Docteur Robotnik avant qu'il ne parvienne à restaurer le Death Egg. Dans cet épisode, Knuckles n'apparaît qu'au cours de cut-scenes, et a pour but de perturber Sonic dans son cheminement. On notera également que les cut-scenes sont beaucoup plus nombreuses que dans les épisodes précédents (interventions de Knuckles, transitions entre les niveaux). Ce qu'il faut savoir sur Sonic 3, c'est qu'il était à l'origine un jeu plus long que celui auquel nous avons à faire. Cependant, le développement ayant subi des retards, le jeu est finalement sorti avec les seuls six niveaux présents. Les niveaux suivants ont tout de même été conçus et figurent dans la suite directe de Sonic 3 : Sonic & Knuckles. De ce fait, Sonic 3 est un jeu relativement court, et nous nous concentrerons ici uniquement sur le contenu de Sonic 3.

Parmi les personnages jouables, on retrouve Sonic et Tails, jouables seuls ou en coopération. Dans le cas d'un jeu solo, le but est donc de parcourir les niveaux en prenant soin de ramasser des anneaux en cours de route, car ceux-ci constituent la santé du hérisson (ou du renard). A chaque fois que Sonic ou Tails est touché, il perd la totalité de ses anneaux. S'il n'en a pas, il perd une vie. Dans le mode coopération, Sonic est le personnage principal, et sa progression se fait de la même manière qu'en jouant seul. Tails, s'il est contrôlé par l'ordinateur suit « bêtement » Sonic dans ses déplacements. Si par contre un second joueur en prend le contrôle, Tails peut alors aider Sonic dans son cheminement, tout en étant immortel. Le renard collecte des anneaux pour le compte de Sonic. Les commandes restent les mêmes que lors des épisodes précédents : peu nombreuses. Parmi les nouveaux déplacements, Sonic peut désormais, au sommet de son saut, créer un champ de force pendant une fraction de seconde qui tuera l'ennemi qui le rencontrera. On peut très aisément terminer le jeu sans avoir recours à cette technique. S'il est équipé d'un des trois nouveaux boucliers de protection (feu, foudre, aquatique) Sonic pourra alors effectuer en lieu et place du champ de force, respectivement un double-saut, une attaque fulgurante vers l'avant, ou rebondir sur le sol, saut après saut. Tails, quant à lui, peut désormais voler pendant quelques secondes et (en coopération) peut transporter Sonic dans des endroits haut perchés. De la même manière qu'il vole dans les airs, Tails peut nager sous l'eau. On notera également que, quelque soit le personnage, le bouclier de foudre attire les anneaux sur le chemin et rend invulnérable à la foudre, le bouclier de feu rend invulnérable au feu et le bouclier aquatique permet de respirer sous l'eau.

Comme dans Sonic the Hedgehog 2, posséder les 7 émeraudes du Chaos permet à Sonic de se transformer en Super Sonic. Malheureusement, Tails est toujours dans l'incapacité de tirer profit de ces fameuses pierres. Les collecter se fait par l'intermédiaire de stages spéciaux. Pour accéder à un de ces stages, il suffit d'entrer dans un des anneaux géants disséminés ça et là dans les niveaux à parcourir. Réussir un stage spécial (et donc récupérer une émeraude) consiste à collecter toutes les sphères bleues éparpillées dans le stage en forme de sphère (un peu comme dans Mario Galaxy, ou Ratchet et Clank) sachant que Sonic (ou Tails) courra de plus en plus vite, et ne pourra pas être arrêté. En plus des stages spéciaux, il existe un stage bonus accessible depuis un point de contrôle, à condition de posséder au moins cinquante anneaux. Là, il s'agira de tenter de collecter des anneaux ou des vies supplémentaires, ou encore des boucliers de protection, le tout, dans un distributeur de chewing-gums géant.

Nous l'évoquions plus haut, Sonic 3 ne propose que 6 niveaux divisés en 2 actes. Cependant, ces niveaux sont graphiquement plus riches que ceux des jeux précédents. Comme toujours, le joueur aura pour devoir d'affronter le Docteur Robotnik à la fin de l'acte 2 de chaque niveau. Cependant, on notera l'apparition de mini-boss à la fin des actes 1. De plus, une fonction de sauvegarde est apparue, et permet de sauver six parties. Et si un joueur termine le jeu, il pourra, depuis sa sauvegarde, rejouer le niveau de son choix. Enfin, d'un point de vue sonore, Sonic 3 est du même acabit que ses prédécesseurs : excellent. Pour la plupart des niveaux, on notera même des différences légères entre le thème de l'acte 1 et celui de l'acte 2. En outre, il existe un mode compétition à 2 joueurs en écran splitté, dont le but est de parcourir un des cinq courts niveaux inédits, plus vite que l'adversaire. Sonic, Tails et Knuckles sont jouables (aucune différence de gameplay entre les trois personnages). Ce mode est anecdotique.