Si le jeu adaptera fidèlement les 24 premiers épisodes de l'arc Alicization (sous la supervision de l'auteur Reki Kawahara), il développera ensuite son propre scénario, d'où la présence de Medina, une toute nouvelle héroïne. L'aventure prend place dans un mystérieux pays virtuel, l’Underworld. Nous y retrouverons Kirito et son ami Eugeo, dont l'objectif est de sauver leur amie d’enfance Alice, enlevée par la chevalerie après avoir enfreint la loi imposée par l'Administrateur de ce monde virtuel. Pour un aperçu du gameplay, on vous renvoie vers la présentation de Bandai Namco (à partir de 49:10).