Machinika Museum est un puzzle game qui nous propose, en tant que chercheur dans un musée, de réparer des machines extraterrestres dans un futur lointain. Le scénario débute alors que le chercheur en question reçoit une livraison spéciale de ces machines, sans aucune information. C'est par le sens de l'observation et la logique qu'il faut percer les secrets qui nous entourent.