Malgré son nom, Mega Man 3 sur PC est la seconde apparition de la série sur ce support et contrairement à ce que l'on pourrait penser, il ne s'agit pas non plus du même jeu d'action/plates-formes sorti sur Nes. Il en reprend cependant le même univers qui voit le gentil Mega Man partir en guerre contre les différents robots du mauvais Dr Wily. Chaque robot détruit permet au héros de récupérer un nouveau pouvoir.