Si je m'en souviens bien, tu gardais la compétence même si le compagnon devenait hostile et même si tu devais le tuer.
Je me rappel que dans ma partie principale, même si j'ai terminer le jeu avec les miliciens, j'avais quand même aussi assez avancer dans les quêtes de l'institut pour avoir la compétence du compagnon de l'institut.
Et après avoir fait tout ce que je pouvais faire avec l'institut sans rendre les autres factions hostile, j'avais tuer un pnj dans la base de l'institut pour rendre la faction hostile, donc j'ai perdu le compagnon mais j'ai garder sa compétence.