Avec la série Crash Bandicoot, les succès s'enchaînent pour Naughty Dog. Pourtant, dans l'ombre, un drame se trame. Alors que le studio se prépare à développer le troisième volet des aventures du marsupial orange, Jason Rubin et Andy Gavin commencent à se poser des questions quant à l'utilité de la collaboration avec Universal Interactive Studios. Si la société basée à Los Angeles a financé le premier épisode de la série, elle se contente depuis de toucher des royalties mais n'intervient plus à aucun niveau dans la conception des jeux. En vérité, seul son président, Mark Cerny, semble rester concerné. Il finira d'ailleurs par quitter son poste pour devenir consultant indépendant.

Pendant ce temps, Sony fournit l'argent et reste très proche de Naughty Dog. Aussi, la décision est prise en 1998 de ne pas renouveler le deal passé avec Universal. A partir de ce moment, la situation dégénère de façon brutale. La communication est quasiment rompue. Universal refuse même de payer l'air conditionné afin de tempérer l'insoutenable chaleur qui règne dans les locaux occupés par les équipes de Naughty Dog. Le problème, c'est que le droit d'exploiter Crash Bandicoot et par extension, son héros devenu une mascotte internationale, appartient à Universal. C'est même Sony qui doit aller au charbon pour faire en sorte que Crash Team Racing puisse se faire. La décision est difficile à prendre, mais Naughty Dog abandonne tout espoir de développer un jour une suite à sa propre série. Les chemins se séparent et le studio se retrouve seul. Enfin presque.

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Jason et Andy s’aperçoivent rapidement qu'ils ne peuvent décemment pas rester indépendants en raison du budget astronomique nécessaire à la conception d'un jeu. Le moindre échec serait ainsi fatal au studio et à ses désormais nombreux employés. L'option d'un accord passé avec Sony apparaît comme la plus logique en raison de la confiance qui lie les deux parties. Reste à savoir la nature de celui-ci. Après les nombreux déboires rencontrés avec Universal, les fondateurs de Naughty Dog ne veulent plus prendre le risque de voir leur travail s'envoler dans la nature. Quant à la firme nippone, elle craint de son côté que le développeur américain autorise un jour ses futures productions à sortir sur d'autres machines que les siennes. Une seule possibilité s'offre alors aux deux sociétés : le rachat. Sony met donc plusieurs millions sur la table pour acquérir le studio américain, alors que la série Jak & Daxter est en phase de préproduction. En janvier 2001, Naughty Dog devient une filiale de la multinationale japonaise.