La version japonaise de Professeur Layton et la Boîte de Pandore comporte un sous-chapitre bonus. L'histoire se situe entre la fin du premier épisode et le début du deuxième et donne accès à 12 énigmes rassemblées dans une seule et unique pièce. A priori, toutes ces énigmes sont issues du premier volet. La valeur totale de ces énigmes est de 500 picarats.