Coutumier du poste sac à dos sur les épaules de Ratchet durant de nombreux épisodes, Clank dérouille ses petites gambettes dans cet épisode PS2 dont il est très largement au centre. Amené à passer à l'action avec parcimonie pour débloquer son ami de toujours, le célèbre robot doit maintenant diriger les opérations. Car s'il est orphelin du Lombax, il peut toujours compter sur les robots-gadgets, des versions miniatures de Clank capables d'effectuer toutes sortes de tâches bien utiles. Malgré son format de poche, c'est donc en taille patron que l'on incarne le fidèle lieutenant d'un Ratchet en bien mauvaise posture. Accusé d'un crime qu'il n'a pas commis, celui-ci est victime d'une machination que va devoir désamorcer Clank, dans la peau d'un espion. Car si cet opus demeure orienté action, les développeurs ont souhaité y inclure une petite dose d'infiltration. Le gabarit du robot ne lui permettant pas de foncer dans le tas, il va devoir se faufiler avec adresse entre lasers infrarouges, contourner les patrouilles de sentinelles et attaquer ses ennemis par surprise.

Pour ce faire, le joueur va devoir s'approcher lentement des ennemis trop imposants pour placer une attaque imparable si elle est réussie. L'action est simple et contextuelle puisqu'il suffit de presser quatre touches indiquées à l'écran sans faillir pour voir Clank balancer quatre coups au colosse en question. Simple, rapide, efficace, cette attaque permet à la fois de se débarrasser d'un ennemi sans perdre de vie et de ne pas alerter l'attention des autres sentinelles. En revanche, en cas d'échec, le robot doit essuyer la violente réponse de son opposant et se préparer à fuir ses petits potes, alarmés par un signal. Une variante de ces actions contextuelles intervient lorsque Clank doit entamer une danse pour éviter d'être balayé par une multitude de lasers protégeant l'accès à une pièce ou à un objet important. L'action n'est pas sans rappeler une scène d'Ocean's Twelve que semble bien parodier le petit robot. Cette fois, c'est un mini-jeu de rythme qui précède chaque séquence. Là encore, le joueur doit appuyer sur les touches qui défilent devant lui pour obtenir un multiplicateur le plus élevé possible afin de diminuer les risques d'être touché par un laser.

Le gameplay ne comporte guère plus de subtilités. Le principe de level-up de la jauge de Nanotech de Clank et de son arsenal est logiquement reconduit. Des upgrades qui se font automatiquement mais qui peuvent être accompagnés d'améliorations achetées grâce à la monnaie locale : le boulon. Ces boulons sont engrangés tout au long de la progression de Clank, grâce aux ennemis vaincus, aux caisses explosées et aux décors arrachés. L'autre moyen de se faire beaucoup de boulons rapidement est de relever des défis d'arènes et de combats avec ces sieurs Ratchet et Quark. Si le premier doit affronter des détenus malintentionnés dans une arène, le second vit dans son imagination les combats qu'il se convainc d'avoir livré face aux super-vilains de la galaxie. Un principe là aussi repris d'épisodes antérieurs et qui n'apporte pas la dose de nouveauté en termes de gameplay que l'on était en droit d'attendre. Et ce ne sont pas les phases en snowboard qui combleront ce manque. Pire encore, le portage PSP vers PS2 a entraîné quelques problèmes de caméras (la vue notamment pas assez éloignée des héros) et une vraie rigidité et lenteur dans les déplacements, en particulier lorsque l'on contrôle Ratchet.

Le tout prend des allures cauchemardesques avec une caméra complètement paumée, même si on la choisit active, que le joueur doit sans cesse replacer. Pour peu qu'il se situe le long d'un mur ou devant un objet imposant, il lui est alors impossible d'effectuer une rotation complète ou d'élargir à nouveau son champ de vision sans se déplacer. De plus, l'absence d'une véritable visée s'avère vraiment préjudiciable. Une mine de munitions est gaspillée et les mêlées n'en sont que plus poussives, notamment en arène. Secret Agent Clank n'offre malheureusement pas les mêmes garanties que ses aînés et souffre des mêmes maux que le portage de Ratchet & Clank : La Taille Ca Compte. Le contenu est lui aussi assez limité et se contente de quelques mondes et la progression de planète en planète manque cruellement de lien.