Il faut quand même faire attention de rester sur la même version.
Par exemple les saves de la version physique "standard" (sans dlc) de the witcher 3 ne sont pas compatible avec la version GOTY avec les DLC inclus de TW3 que tu as sur le store. Les exceptions de ce genre sont ultra rares, mais elles existent.
Y'a aussi le soucis si t'achètes tes jeux physiques en ligne, tu peux parfois recevoir des versions étrangères avec un CUSA différent de la version FR dispo sur le store et par conséquent là aussi tu auras des saves incompatibles.
Après voilà, en dehors de ces cas très particulier, comme l'ont dit mes VDD, saves physique, saves démat, c'est exactement la même chose. Si t'as un jeu en version boite et que tu veux être sur que c'est la même version que celle du store, regarde le CUSA (c'est le code marqué en bas sur la tranche de la boite)